基本医疗保险的结算方式主要如下：

1、医疗费用由基本医疗保险基金支付，由社会保险经办机构和医疗机构直接结算；

2、一般住院基本医疗费用和地方补充医疗费用按服务单位结合住院门诊人数比例结算；

3、门诊费用和药品费用由社会保险经办机构和医疗机构直接结算。

基本医疗保险费用结算管理的目的

加强城镇职工基本医疗保险费用结算管理的目的，也是遵循的原则，

1、要有利于统筹基金的收支平衡。

基本医疗保险基金的收支平衡是新制度运行的基础，由于个人账户只能有结余而不存在超支的问题，因而，基本医疗保险基金的收支平衡，核心是统筹基金的收支平衡。为实现统筹基金的收支平衡，在基本医疗保险统筹基金支付范围、待遇支付标准，及医疗服务等方面，均规定了严格的政策，而这些政策需要通过费用支出审核、医疗服务范围审核得以贯彻执行。这些审核最终都需要通过制定科学合理的费用结算办法来明确医保双方的责任、权利与义务，规范医保双方的行为，并通过具体的结算结果得以体现。所以，从制度运行的基础出发，基本医疗保险费用结算管理的办法、政策、措施，直至审核结果的处理，都要以保证基金的合理使用和统筹基金的收支平衡为基本目的。

2、要有利于实现职工的基本医疗保障。

在社会医疗保险制度中，社会保险经办机构与医疗服务机构客观上存在着卖买关系：社会保险经办机构代表全体参保人（而不是代表某个参保人）用保险基金去购买医疗服务。一方面，这种购买关系取决于基金支付能力，为了维护绝大多数参保人的利益，只能为真正需要医疗服务的参保人购买有限的服务，在基本医疗保险中，只能保证基本医疗保障。参保人不能要求保险基金支付医疗机构提供的超出基本医疗保障需求基本医疗。医疗服务机构也不得通过各种变相手段诱导、刺激医疗需求，从而增加自己的收入，这无疑侵占了全体参保人的权益。另一方面，这种购买关系必须承诺公平买卖的准则，一分钱一分货。医疗机构必须及时、有效地给予参保人必要的、合理的治疗，并告之基本医疗保障的服务范围，不得为自身利益而变相克扣或推诿延迟医疗服务，从而侵害参保人的基本医疗保障。为了保证公平的卖买关系，防止变相扩大不必要的医疗服务或缩减必要的医疗服务，就必须在结算管理中根据基本医疗保险的医疗服务规范和支付政策，对医疗服务和费用支出制定严格的审核措施，以规范医疗服务行为，保证医疗服务质量和有限资金购买有效服务，实现职工的基本医疗保障。

3、要有利于实现社会化管理。

基本医疗保险的社会化管理服务，不仅体现在基金的社会统筹和待遇的支付，更重要的是体现在基本医疗保险的医疗服务管理和费用审核上。或者说，基金收支的社会化管理服务，在基本医疗保险上更多地取决于医疗服务管理和费用审核的社会化管理服务水平和管理能力。如果基本医疗保险不能实现有效的社会化管理服务，一方面会导致基金的浪费和流失，另一方面是不能及时减轻企业的社会负担，影响我国市场经济体制建立的进程。因此，基本医疗保险必须创造条件尽可能实现社会化管理服务，而基本医疗保险费用结算管理是实现这一目标的重要措施。这就要求在基金收支上要完全实现社会化管理，在结算管理上要尽可能地将所有费用纳入结算范围，并明确结算责任，简化结算程序，提高结算效率，提高基本医疗保险的社会化管理服务水平，减轻用人单位和医疗服务机构的社会负担，同时方便职工就医购药。

《社会保险法》第二十九条

参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。