公司辞退员工的合法流程如下：1、由解除决定人递交解除申请书；2、人事部门填写解除劳动合同审批表并报主管审批；3、通知所在部门及职工办理工作交接并交回工具设备等；4、有关部门与职工办理结算工资福利和其他未了事宜等；5、职工在结算工资和发放经济补偿的财务手续签字领取。通过合法程序解除合同的，不需要承担相应的赔偿责任。

公司辞退员工的程序

1、认定员工严重违纪，必须依据合法有效的规章制度，合法有效的规章制度是用人单位辞退违纪员工的重要依据。最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释第19条明确规定，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律规定，行政法规以及政策性规定，并已经向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。只有依据合法有效的规章制度做出来的辞退决定，才可以成为仲裁机构或者司法机关的判案依据。所以用人单位一定要建立起合法有效地规章制度，才能将其作为判断劳动者是否严重违纪的客观依据。

2、规章制度只有公示过才能对员工产生法律效力。劳动合同法第四条规定：用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果用人单位没有证据证明规章制度已经公示或者向劳动者告知的话，该规章制度不能作为辞退劳动者的依据。所以用人单位一定要将该合法有效地规章制度公示或者告知劳动者，才能将其作为判断劳动者是否严重违纪的客观依据。

3、必须有证据证明劳动者严重违反规章制度。如果单位没有注意搜集保存能够证明劳动者严重违反规章制度的证据，就算是劳动者真的严重违纪，但是在劳动争议中用人单位举不出来证据，就要败诉，法律讲究的是证据。因此在员工发生严重违反规章制度的情况下，用人单位应该及时取证。实践中要求劳动者做出书面的检讨或者解释、说明和承诺，留档备查是最有效和便利的方法。

4、履行通知工会和本人的程序。劳动合同法第43条规定，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。所以，用人单位做出解除劳动合同的决定后一定要通知工会。另外应该注意的是，最高法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题解释（二）第一条规定，因解除或者终止劳动关系产生的争议，用人单位不能证明劳动者收到解除或者终止劳动关系书面通知时间的，劳动者主张权利之日为劳动争议发生之日。因此，用人单位在做出解除劳动合同的决定以后，还要将该决定送达劳动者，而这一举证责任在于用人单位，如果用人单位不能举证已经将解除劳动合同通知书送达劳动者的时候，将会使用人单位面临劳动仲裁失效无限延长的法律风险。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。