被合并企业及其股东按清算所得税处理，一般会产生所得税负债，增加公司合并的税收成本。如a公司与其他公司合并，在合并基准日，a公司的资产总额为1000万元，负债总额为500万元，所有者权益为500万元。经评估协商，各方同意a公司合并后的所有者权益为1000万元（资产溢价500万元）。同时，根据各方约定的合并后公司的股权比例，合并后a公司的股权为500万元。在本次合并中，被合并企业需要向a公司支付500万元的合并资产溢价，导致股权支付比例低于85%

在上述例子中，被合并企业不能适用特殊税收处理，只能适用一般税收处理。合并企业及其股东按清算所得税处理。A公司因合并（清算）产生的资产处置收入500万元，应缴纳企业所得税125万元×分配给股东后，股东需缴纳个人所得税75万元（37.5万元）×累计纳税成本200万元，股东获得300万元，同例中，a公司将1000万元的股东权益全部投入被合并公司，支付100%股权，或支付85%以上股权，使被合并公司支付给a公司的合并资产溢价不超过15%，a公司可以实行特殊的税收待遇，不必按清算情况处理公司和股东的所得税，可以节省200万元的税款（不影响a公司资产溢价）。当然，如果存续公司的股东以500万元的价格购买a公司50%的股权，然后进行合并，按照企业合并的做法，合并也将免征一般所得税，是否需要股权外支付，股权外支付多少取决于以下因素：

1；2.有多少股东不同意合并。有股东不同意加入被合并公司的，根据《公司法》的规定，公司需要取得股东的股权，非股权支付的比例较大，否则比例较小；三参与合并之公司资产价值与合并后公司股东应投入资产价值之比较关系。如果两者相等，则可能不存在非股权支付。参与合并的公司的资产价值大于需要投资的资产价值的，可以进行非股权支付。价值越大，非股权支付越多，非股权支付的比例越大

基于以上分析，参与合并的公司可以采取以下方法进行特殊税收处理，以节约合并的税收成本：

1；（二）参与合并的股东与要求支付非股权款项的股东应当在合并后签订一年以上的股权转让协议，参与合并的股东应当将非股权款项以保证金的方式支付给享有非股权款项的股东；（三）根据参与合并的各公司的资产评估金额，确定各公司股东在被合并公司中的持股比例，取消或者控制非股权支付比例；（四）公司资产规模过大，合并资产有限的，可以先分立后合并，解决非股权支付问题，规划者和经营者应努力实行公司合并的特殊税收待遇，将合并的税收成本控制在法律允许的范围内