一、房屋两证的弊端

1、容易造成有关内容的不一致。一般情况下，《房屋所有权证》等有关土地的内容的填写，是依照房管部门掌握的历史资料；而《土地使用权证》的有关内容是按照土地部门经地籍调查后实测的情况填写，二者的测量方法和口径会产生不一致。

2、易使违法用地和违章建房合法化。有时候稍不注意，就会给违法占地建房颁发房产证，给违章建房颁发土地证。

3、易造成两证不齐。办毕房产证后，较长时间内不能办理土地证，有的房主甚至不申办土地证。不少商品房或公房出售后，只办有房产证而无土地证，权益难以得到保护，并影响了房屋的再交易。

4、易造成重复抵押房地产，影响了房地产金融业务的顺利开展。另一方面，“两证”分发，易使国家土地收益、登记机关规费收入大量流失和助长隐形地产市场的滋生。

二、房屋所有权证

《房屋所有权证》是国家依法保护房屋所有权的合法凭证，是具有法律效力的证件，由人民政府房地产行政机关核发，其他任何部门和单位均无权制作或发放，所发放的权证一律无效。建设部在《关于加强〈房屋所有权证〉发放管理工作的通知》中也规定房屋所有权人必须依法到房屋所在地的房地产行政主管机关申请登记领取房屋所有权证。凭证管理房产；凭证出售、出租房屋；凭证申请房屋翻、改、扩建；凭证申请办理房屋继承、析产、分割、赠与、交换、调拨等产权转移手续；凭证办理抵押手续；凭证办理拆迁、安置、补偿手续。管理部门在办理有关手续时凡涉及到房屋所有权证的归属，也均应以《房屋所有权证》作为确认证件，不得以其他证件替代。

三、土地所有权证

根据国家有关规定，截止2009年1月，我国颁发的土地证书主要有三种：

1、集体土地所有权证。县级人民政府对农民集体所有的土地进行登记造册，核发集体土地所有权证，确认所有权。

2、集体土地建设用地使用权证。县级人民政府对集体所有的依法用于非农业建设的土地进行登记造册，核发集体土地建设用地使用权证，确认建设用地使用权。

3、国有土地使用权证。县级以上人民政府对单位和个人依法使用的国有土地进行登记造册，核发国有土地使用权证，确认国有土地使用权。

2003年，中国开始颁发林权证，其四项权益里，也包含了部分土地权益。