区别一：土地流转不改变土地的性质，也就是说之前是农用地，流转后依然是农用地。《农村土地承包经营权流转管理办法》第三条规定:“农村土地承包经营权流转不得改变承包土地的农业用途。”而“以租代征”的实质是假借土地流转之名，改变农用地的性质进行土地开发，在农用地建设永久性建筑，对耕地造成很大的破坏。

区别二：土地流转受让方必须从事农业经营，要有能力搞好农业生产、管理好农用地。《农村土地承包经营权流转管理办法》第九条规定:“农村土地承包经营权流转的受让方可以是承包农户，也可以是其他按有关法律及有关规定允许从事农业生产经营的组织和个人。”“受让方应当具有农业经营能力。”而“以租代征”的用地方大多是一些房地产开发企业或工业制造企业，不具备农业生产经营能力。

区别三：土地流转的主体是承包方，有权决定是否流转以及如何流转承包地，土地流转是完全自愿进行的。《农村土地承包经营权流转管理办法》第六条规定:“承包方有权依法自主决定承包土地是否流转、流转的对象和方式。任何单位和个人不得强迫或者阻碍承包方依法流转其承包土地。”第八条规定:“没有承包方的书面委托，任何组织和个人无权以任何方式决定流转农户的承包土地。”而“以租代征”的主体是基层政府或村委会，经常伴随有欺骗、强迫甚至暴力。

区别四：土地流转的收益归承包方所有，这一点不能有任何的回旋余地，不可有任何的马虎。《农村土地承包经营权流转管理办法》第七条规定:“农村土地承包经营权流转收益归承包方所有，任何组织和个人不得侵占、截留、扣缴。”而“以租代征”的收益很大一部分被地方政府或村委会以各种名义截留，有的甚至是已经把土地征了出去，但仍是支付着失地农民少量的年租金。

区别五：土地流转是国家积极鼓励的，专门出台《农村土地承包经营权流转管理办法》，印发《关于引导农村土地经营权有序流转发展农业适度规模经营的意见》，以各种形式鼓励农民自愿、互利地进行土地流转。而“以租代征”是国家明令禁止的行为，《土地管理法》规定:“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地。”国务院《关于加强土地调控有关问题的通知》明确提出，禁止通过“以租代征”等方式使用农民集体所有的农用地进行非农业建设，擅自扩大建设用地规模。