1、合同签订阶段

(1)签订无效合同。目前不少建筑施工为了眼前利益签订转包、违法分包、合同，因违反相关法律规定而无效;有的则是以合法形式掩盖非法目的，实质也是无效合同。

(2)加入WTO后，有些建筑施工企业使用境外合同文本，由于国情不同、语言文字不同，加上翻译问题，这些合同文本中的不少条款存在疑问或争议，因而产生纠纷。

(3)发生歧义和误解的合同。有的合同条款用词不达意不准确、不严谨，容易让人产生歧义和误解，导致合同难以履行或引起争议。

(4)不全面、不完整的合同。合同条款挂一漏万，常见漏掉的往往是违约责任。有些合同只讲好话，不讲丑话;只讲正面的，不讲反面的，不懂得签合同应当“先小人后君子”的诀窍，一旦发生违约，在合同中看不到违约如何处理的条款。

(5)无主合同或从合同不健全。主合同是指能够独立存在的合同，如建筑工程总承包合同等;从合同是指以主合同的存在为前提才能成立的合同，如建筑工程分承包合同及保证合同、抵押合同等。没有主合同的从合同是没有根据的合同，就象“无源之水、无本之木”;从合同不健全容也产生纠纷。

2、合同履约阶段

(1)过了诉讼时效的合同。建筑行业被拖工程款的情况相当严重，有些拖欠没有诉诸法律，但当起诉时才发现已超过了两年的诉讼时效，无法挽回损失。超过了诉讼时效等于放弃债权主张，等于权利人放弃了胜诉权。

(2)放弃行使权力的合同。发包方不按合同约定支付工程进度款，建筑公司可以行使抗辩权停工，但却没有行使，怕单方面停工要承担违约责任，结果客观上造成了垫资施工，发包方的欠款数额愈来愈大，问题更难解决。

(3)轻视法律效力的证据(资料)。有效的证据，应当是原件的、与事实有关的、有盖章和(或)签名的、有明确内容的、未超过期限的。不具备法律效力的书面证据只是废纸一张。

(4)没有及时变更合同。合同变更包括合同内容变更和合同主体的变更两种情形。合同变更的目的是通过对原合同的修改，保障合同更好履行和一定目的的实现。作为承包方的建筑施工企业，更重要是为了维护自己的合法权益。关键在于变更要及时。

(5)没有及时发出的书函(会议纪要)。在履约过程中及时地发出必要的书函，是合同动态管理的需要，是履约的一种手段，也是建筑企业自我保护的一种招数，可惜这一点往往遭到忽视，结果受到惩罚。

(6)没有办理签证确认。履约过程中的签证是一种正常行为。但有些建筑公司的现场管理人员对此并不重视，当发生纠纷时，也因无法举证而败诉。