目前，破产管理人制度尚未正式开始运行，在破产程序中事实上起管理人作用或者说实际履行管理人职责的主体是清算组。从清算组清算实践的情况看，主要存在以下几个方面的问题。

一是工作效率低、专业水平低。清算组在破产程序中尚未形成职业化的履职标准。清算组作为事实上的管理人，非职业化的情况非常严重，工作效率总体上不高。这在很大程度上影响了破产工作的进程和效率。另一方面，实践中的清算组组成情况比较复杂，成员可能来自政府部门、中介机构、企业的上级主管部门等等。其中有的人来自与破产有一定关联的法律、会计等专业部门，有的来自与破产无关的非专业部门，二者都不是专业从事破产管理的职业主体，即便目前法律或会计等与破产有一定关联的主体，其是否具备破产管理所必需的专业技能和知识也并不十分确定。因此，二者并非都适合履行破产管理人职责。

二是利益不超脱。清算组成员往往与原企业存在着千丝万缕的联系，有的甚至有直接的利益关系，很难确保立场的公正性、中立性或超脱性，从而使破产管理与清算过程中的债权人利益难以得到切实保障。

三是债权人会议的监督权难以行使。由于清算组的组成与政府各部门有较为密切的联系，因而，清算组的职能在某种程度上具有行政清算的色彩，使债权人会议对清算组的监督权受到非常不利的影响。在一些具体案件中，债权人会议的监督流于形式，事实上落空。

四是责任难以有效追究。我国现行法律较为关注破产清算程序中的个人违法行为，在规制过程中较为注重严重违法行为以及触犯刑法的行为。实践中，对于严重违法以及触犯刑法的个人追究责任法律依据尚可。但是，对于清算组的违法行为，例如，造成破产财产浪费、破产成本过高或者侵犯了有关权利人权利的行为，由于清算组是临时组织，没有承担责任的能力，破产程序终结后便告解散，因而无从追究责任。

五是成本控制差。这是现行清算活动中问题比较大的一个领域。有些破产企业已经负债累累，但清算组却不能从善良管理人的角度对清算企业的各项支出作出对企业有利的计算。清算费用及工作报酬等支付不经济，在破产实践中已经成为常见现象。

六是破产财产处分不公平。我国企业破产实践中，已经出现了一些明显低价评估变卖破产企业财产的现象。这在很大程度上损害了破产企业及其债权人的利益。

由此可知，处理破产企业债权债务是清算组的重要职责，而在在破产清算过程中存在的问题也是需要格外予以重视并及时解决的。从而国家应该完善相关体制以保证破产清算的顺利进行。另外破产清算人员在我国还相当匮乏，因此急需建立一支高素质的清算人队伍，保证破产清算工作的公正高效运作。