1、扣除员工工资的合法依据跟企业的类型毫无关系，如果企业没有任何正当理由违法克扣员工工资，员工可以向企业所在地的劳动行政主管部门投诉，也可以申请劳动仲裁；

2、法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；

(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

一、个人独资企业违法克扣员工工资的法律责任是什么

1、用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

(1)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；

(2)拒不支付劳动者延长工作时间工资的；

(3)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

2、经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

二、工资被企业违法扣除申请劳动仲裁的流程是怎样的

1、提交申请书当事人申请仲裁，应当提交书面仲裁申请书，并按照被申请人数提交副本；

2、仲裁受理仲裁委员会应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。仲裁委员会决定受理的，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人。决定不予受理的，应当说明理由；

3、开庭审理仲裁庭应当于开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉自理，对被申请人可以做缺席裁决；

4、仲裁调解仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力；调解未达成协议的，仲裁庭应当及时裁决；

5、仲裁裁决仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经批准可以延期并书面通知当事人，延长期限不超过十五日。仲裁庭裁决后应当制作仲裁书送达双方当事人。当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内，可以向人民法院起诉；期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。