工程竣工后发现施工合同无效的，牵涉到的主要就是工程款的结算问题，对于此要分两种情况：

一、建设工程竣工验收合格的。此种情形下，承包人可以向发包人要求按照合同约定支付工程价款，发包人拒绝的，承包人可以向有管辖权的法院提起诉讼，请求法院判决发包人依照合同约定支付工程价款，法院应予以支持。

二、建设工程经竣工验收不合格。这种情况下，要按照以下情形分别处理：

（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人可以请求承包人承担修复费用，承包人拒绝的，发包人向法院请求的，法院应予支持；

（二）修复后的建设工程经竣工验收还是不合格的，承包人无权请求支付工程价款，法院对此请求不予支持。

同时，因建设工程不合格造成的损失，发包人存在过错的，也应承担相应的民事责任。

工程竣工报告和工程竣工验收报告有什么区别

（一）两者虽然都含有竣工，但是一个涉及到了验收，所以主体不同，另外目的也不同，报送的结果也会出现不同。一般来说，工程竣工验收会通过三个阶段，首先是阶段验收，需要由监理单位共同审查，提供进度的依据。

（二）再经过初步验收，由建设主管部门和监理单位共同来负责，主要就是检测施工单位是否已经清场完毕。还需要经过正式的验收过程涉及到的部门有很多，有的是施工单位，监理单位，同时要出具完整的档案资料，要有电子光盘，按照规定，上交给房管局的档案部门进行管理和存档。同时需要经过验收，确定工程交接的时间，最后才能够办理交接的证书。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第二条建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

第三条建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。