最高司法机关在总结经验的基础上，就单位犯罪颁布了大量的解释、批复。这些司法解释对统一单位犯罪案件的处理起到了一定的作用，但由于缺乏理论支撑，又或多或少存在一定的缺陷。

归纳起来，这些缺陷主要有以下四种：

1、单位犯罪主体资格的否定标准设置不当

《最高人民法院关于审理单位犯罪案件具体应用法律有关问题的解释》第2条规定：个人为进行违法犯罪活动而设立的公司、企业、事业单位实施犯罪的，或者公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处。第3条规定：盗用单位名义实施犯罪，违法所得由实施犯罪的个人私分的，依照刑法有关自然人犯罪的规定定罪处罚。

上述第2条规定意图通过适用法人人格否认制度，惩治真正的犯罪人。但是，法人人格否认制度，仅是无视法人的独立人格，而不是消灭法人的主体资格。在单位犯罪的场合，法人的主体资格仍然存在，仍然具备受责的前提。可见，以法人人格否认制度来区别单位犯罪与自然人犯罪，并不具有合理性。

而以设立单位的目的是否是进行违法犯罪，或者以单位的主要活动是否是实施违法犯罪作为区分单位犯罪与自然人犯罪的标准，也极不具有可操作性。上述第3条规定为自然人犯罪设置了违法所得由实施犯罪的个人私分这一要件具有一定的合理性，但这又重拾了立法机关所舍弃的为单位谋取非法利益这一单位犯罪成立要件。

最高司法机关之所以对单位犯罪与自然人犯罪的界分煞费苦心，与刑法对单位成员犯罪与自然人犯罪设置不同的法定刑有着莫大的关系。正如有的学者所言，由于我国现行刑事法律制度对个人犯罪的惩治力度通常比单位犯罪要强一些。因此，站在国家的立场上，撕开蒙在个人脸上的单位面纱，还他一个自然人犯罪的本来面目，有利于惩治犯罪，维护正常的社会秩序和经济秩序。

2、单位犯罪的形态结构认识不清

《最高人民法院关于审理单位犯罪案件对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员是否区分主犯、从犯问题的批复》规定：在审理单位故意犯罪案件时，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可不区分主犯、从犯，按照其在单位犯罪中所起的作用判处刑罚。

该批复存在以下两个问题：

第一，可不区分主犯、从犯，是指对所有的单位故意犯罪，均不区分主犯、从犯，还是指对有的单位故意犯罪可以不作区分，但对有的单位故意犯罪，仍然需要区分?如果是前者，其理由是什么?如果是后者，其根据又在哪里?另外，区分和不区分的各自前提又是什么?

第二，既然肯定可以不区分单位成员之间的主从关系，为什么又要按各自在单位犯罪中所起的作用处刑?根据共犯理论，主犯和从犯的认定，其依据主要是各共同犯罪人在犯罪活动中所起的作用，因此区分主从关系与按照其在单位犯罪中所起的作用判处刑罚实际上是一回事。最高司法机关暧昧模糊、似非而是的批复，折射出其对单位犯罪形态结构认识的底气不足。正如学者所言，这一司法解释使用可不区分主犯、从犯的措辞，本身就表明最高司法机关在单位犯罪主体个数上尚无明确立场，而只是一种意见倾向。

3、单位犯罪的定罪量刑数额设置不妥

《最高人民检察院、公安部关于经济犯罪案件追诉标准的规定》对高利转贷、违法发放贷款、非法经营等犯罪，针对自然人与单位不同犯罪主体确定了不同的追诉标准。《最高人民法院关于审理走私刑事案件具体应用法律若干问题的解释》对走私普通货物、物品罪以及走私国家限制进口的可用作原料的固体废物，针对自然人与单位不同的犯罪主体确定了不同的定罪量刑标准。

《最高人民法院关于审理非法出版物刑事案件具体应用法律若干问题的解释》对侵犯著作权罪和销售侵权著作品罪，针对自然人与单位不同的犯罪主体确定了不同的定罪量刑标准。《最高人民法院、最高人民检察院关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》对单位侵犯知识产权犯罪，规定按照相应个人犯罪的定罪量刑标准的三倍定罪量刑。

上述司法解释就同种犯罪针对单位与自然人规定了不同的追诉标准或定罪量刑标准，相当于对同种犯罪因犯罪主体不同而设置了不同的构成标准，这不仅直接违反刑法的规定，而且也违反了适用刑法平等原则。另外，司法解释对有的犯罪适用同等原则，对有的犯罪适用区别原则;适用区别原则的，单位犯罪的数额标准与自然人犯罪的数额标准的比例规定又不尽一致。不客气地说，最高司法机关在确定单位犯罪与自然人犯罪的数额标准时，并没有一个统一的原则在指导，而是带有相当大的随意性。这种因犯罪主体的不同而对同种危害行为规定高低不同的定罪量刑标准的做法，其直接后果是，为不法分子规避法律大开方便之门。

4、单位犯罪的分离追诉理由不明

《最高人民法院、最高人民检察院、海关总署关于办理走私刑事案件适用法律若干问题的意见》第17条规定：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员均无法归案的单位走私犯罪案件，只要单位走私犯罪的事实清楚、证据确实充分，且能够确定诉讼代表人代表单位参与刑事诉讼活动的，可以先行追究该单位的刑事责任。

被告单位没有合适人选作为诉讼代表人出庭的，因不具备追究该单位刑事责任的诉讼条件，可按照单位犯罪的条款先行追究单位犯罪中直接负责的主管人员或者其他直接责任人员的刑事责任。人民法院在对单位犯罪中直接负责的主管人员或者直接责任人员进行判决时，对于扣押、冻结的走私货物、物品、违法所得以及属于犯罪单位所有的走私犯罪工具，应当一并判决予以追缴、没收。

这一司法解释体现了对单位犯罪中的单位和单位成员分离追诉的原则，这是司法实践部门迫于现实需要而作出的选择。但是，分离追诉是以责任分离为前提的。也就是说，只有认为在单位犯罪中，单位和单位成员均因各自的行为构成犯罪而承担相应的责任，二者责任独立，并不互相牵扯，才有实施分离追诉的可能。但根据通行的理论，在法人整体犯罪中，法人成员是否负刑事责任，并不是追究法人刑事责任的必要条件，恰恰相反，法人构成犯罪，才是追究法人内部成员(自然人)刑事责任的依据和必要前提。

单位犯罪以双罚制为主，个人的刑事责任是以单位构成犯罪并且追究刑事责任为前提，单位不构成犯罪，不承担刑事责任，当然不存在单位中的主管人员和直接责任人员作为个人承担刑事责任的问题。据此，对单位本身，可在单位成员未参与诉讼的前提下追究其刑事责任，但追究单位成员的刑事责任，则须以单位构成犯罪并被追究刑事责任为前提。在单位未被定罪或未参与诉讼的情况下，不能个别追究单位成员的刑事责任。但司法解释的立场明显与通说不同，其法理依据何在，有待探究。