《刑事诉讼法》第195条的规定来看，认定被告人有罪的证明标准仍然是“证据确实、充分”，但其对这一标准的内涵作了新的规定，具体包括以下三项内容：

(一)定罪量刑的事实都有证据证明；

(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实；

(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。

前两项规定属于“证据标准”，是对证据本身的要求，其中“定罪量刑的事实都有证据证明”是对证据量的要求，“据以定案的证据均经法定程序查证属实”是对证据质的要求；第三项关于“排除合理怀疑”的规定，是对运用证据认定案件事实所要达到的程度的要求，是关于证明标准的新解释。

要准确适用排除合理怀疑的证明标准，就要从以下几个方面来理解和把握这一标准的含义：

首先，排除合理怀疑重在排除“合理”的怀疑，强调怀疑的合理性。

所谓合理怀疑，是指一个普通的理性人凭借日常生活经验对被告人的犯罪事实明智而审慎地产生的怀疑。

有人认为，排除合理怀疑标准并不是要排除所有的怀疑，而是强调所排除的怀疑的合理性，只要怀疑是合理的，自然都要排除，因此没有必要画蛇添足。还有人认为，合理怀疑中的疑点是指那些影响案件事实认定的具有根本冲突的疑点或者重大疑点，如被害人身上的伤口与致害工具不相符、被告人口供与物证不能相互印证等；而那些一般疑点，如共犯就具体的犯罪时间表述不一致，不属于合理怀疑的范围。有专家不赞成这种观点。

其次，排除合理怀疑是要排除有正当理由的怀疑，而非任意妄想的怀疑。

合理怀疑要求怀疑者能够说出怀疑的理由，而不能毫无根据地推测或者幻想。由于与人类事件相关的每件事情都存在一些可能或者想象的怀疑的可能性，因此，合理怀疑应当是法官或者陪审员根据理性对案内证据情况经过仔细思考后产生的怀疑。

第三，排除合理怀疑要求法官确信指控的犯罪事实存在。

“排除合理怀疑”是一种带有浓厚主观色彩的表达，体现出普通法刑事证明标准认识论上的经验主义。人们在解释合理怀疑时，往往与大陆法系国家“内心确信”的证明标准联系起来，将之定义为“一种道德上的确信”。尽管“排除合理怀疑”与“内心确信”在表述上存在差异，但事实上并无本质区别，排除了合理怀疑，就意味着形成了内心确信，反之亦然。

最后，排除合理怀疑不要求达到绝对确定的程度，不要求百分之百的确定无疑。

刑事案件事实是一种“过去的事实”，作为历史性事实，无论是当事人运用证据论证案件事实，还是法官运用证据认定案件事实，都将难以用自然科学的实验方法来加以判定，都只是基于不完全的证据对过去事实真实性的证明。这种证明属于一种典型的“回溯性认识”，而基于回溯性认识的自身特点，无论裁判者确信程度多高，所认定的事实都不可能必然正确，而只能是一种盖然性或者高度盖然性。此外，排除合理怀疑的标准通常是难以用百分比进行精确量化的，因为对其进行量化解释“不仅可能降低控诉方的证明责任，而且会给陪审员带来理解上的混乱”。

刑事诉讼关系到公民的自由甚至生命的限制或者剥夺，这就决定了对于被告人的有罪认定必须达到很高的证明标准。排除合理怀疑标准被认为是人类认识活动规律在刑事诉讼中的体现，它很好地反映现代社会的价值选择，能够实现“疑罪从无”的人权保障理念，确保事实认定者作出正确的决定，同时也有利于减少错判的风险，因此，它被认为是“自由社会最值得骄傲的方面之一”。