一、根据劳动法规定不加班是否会导致工资被扣除

用人单位以劳动者不加班为由克扣劳动者工资是违法的。

《中华人民共和国劳动法》第四十一条

用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。

二、不定时工时制需要每年申请吗

企业实行不定时工作制的，需要到当地劳动部门申请批准。适用不定时工时制不是报备，而是审批，且通常季度、半年或一年一批，未经审批的，不能适用。经过审批，且劳动合同约定了不定时工时制才能适用。审批部门是劳动保障行政部门。

三、公司加班基数以当地最低工资算合法吗

加班工资不是以基本工资为基数来计算，而是以劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准来计算的。

根据《工资支付暂行规定》第十三条

用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：

（一）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150％支付劳动者工资；

（二）用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200％支付劳动者工资；

（三）用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300％支付劳动者工资。

实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150％、200％、300％支付其工资。

经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。实行不定时工时制度的劳动者，不执行上述规定。

《中华人民共和国劳动法》（2018修正）：第四章　工作时间和休息休假　　第四十二条　有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条规定的限制：\n（一）发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；\n（二）生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的；\n（三）法律、行政法规规定的其他情形。