总的来讲，要防范工程款纠纷应从以下几个方面入手：

1、慎重选择合作伙伴。随着市场竞争的日趋激烈，一些承包企业很难揽到工程，所以对工程项目格外珍惜，这容易形成一种志在必得的心理，这种心里促使对合作伙伴诚信度考察的忽视，则往往落得干了活拿不到钱的结局。慎重选择合作伙伴是非常重要的，合作伙伴的资信能力对承包企业的权利实现是至关重要的，故必须对合作伙伴的情况要有所了解，主要包括合作伙伴的股东构成，企业信誉如何，有无违约记录，对外负债，主要固定资产现状如何，项目资金的来源、到位及监管情况等等。

2、审查建设手续。有些建设工程项目未经有关部门审批或者建设方的建设意图超越审批范围，如果承包方不问青红皂白匆忙承建此工程很可能陷于困境，为以后索要工程款造成障碍。例如，规划部门规划建五层，而发包方却想建到五层以上，这样，如果承包方按发包方意图建设，建设过程中很可能遭到规划部门勒令停工，承包方势必进入僵局。再如，规划部门规划建五层，这样，如果承包方按发包方意图把楼建设到五层以上，事后，该工程被城建规划部门勒令拆除，承包方主张五层以上部分的工程款就有了难度。

3、请专业人员把好合同关。合同是承包方实现权利的最重要的凭证，合同是否规范、表达是否准确、严密、详细对承包人来讲十分关键。有的人常常认为施工合同都是格式文本，没有什么可以发挥的。其实，这种认识是不正确的，建设部推荐的格式文本是为了双方订立合同方便、规范，但格式合同里是很多可以选择的条款，并且有些是空白条款待当事人根据自己的具体情况填写。签订合同时一定要特别注意把工程款的支付方式、支付期限及违约责任约定清楚。

4、完善施工手续。相当一部分工程款纠纷的承包方由于手续不完善，无法取得证据，给对方可乘之机。这种情况下处理纠纷就很被动。故施工过程中，手续一定要完备。比如，工程图纸设计的更改、选材的变更、施工项目的增加等变签单一定要有对方施工代表、监理的签字。以上是从防患于未然角度将怎样预防纠纷，一旦发生较大的工程款纠纷，建议必要时可以找个专业律师介入处理。