一、被告不同意鉴定公章怎么办

根据最高院的司法解释：一方要做司法鉴定，另外一方不同意的，视作鉴定结果对不同意的一方不利。依照对不同意方不利的结果判决。

所以，被告不同意可以重审认定，法院可以给被告一次重新鉴定。

司法鉴定机构对符合受理条件的鉴定委托，应当即时作出受理的决定；不能即时决定受理的，应当在七个工作日内作出是否受理的决定，并通知委托人；对通过信函提出鉴定委托的，应当在十个工作日内作出是否受理的决定，并通知委托人；对疑难、复杂或者特殊鉴定事项的委托，可以与委托人协商确定受理的时间。

二、司法鉴定流程

1、委托

需要司法鉴定的公民、法人或其他组织，可以向自己选定的司法鉴定机构出具鉴定委托书，提供委托人的身份证明，并提供委托鉴定事项所需的鉴定材料。鉴定委托书应当载明委托人的名称或者姓名、拟委托的鉴定机构的名称、委托鉴定的事项、鉴定事项的用途以及鉴定要求等内容。委托人委托他人代理的，应当出具委托书。委托鉴定事项属于重新鉴定的，应当在委托书中注明。

2、受理7个工作日内完成

司法鉴定机构收到委托，应当对委托的鉴定事项进行审查，对属于本机构司法鉴定业务范围，委托鉴定事项的用途及鉴定要求合法，提供的鉴定材料真实、完整、充分的鉴定委托，应当及时作出受理的决定。不能即时决定受理的，应在七个工作日内作出是否受理的决定。对疑难、复杂或者特殊鉴定事项的委托，可以与委托人协商确定受理的时间。

3、鉴定实施30日内完成

司法鉴定机构应当在与委托人签订司法鉴定协议书之日起三十个工作日内完成委托事项的鉴定。鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊的技术问题或者检验过程需要较长时间的，完成鉴定的时间可以延长，延长时间一般不得超过三十个工作日。司法鉴定机构与委托人对完成鉴定的时限另有约定的，从其约定。

4、出具鉴定文书

司法鉴定机构和司法鉴定人在完成委托的鉴定事项后，应当向委托人出具司法鉴定文书。司法鉴定文书的制作应当符合统一规定的司法鉴定文书格式，应当由司法鉴定人签名或者盖章，并且加盖司法鉴定机构的司法鉴定专用章。

三、司法鉴定费用减免

司法鉴定收费继续实行政府指导价管理，其中法医、物证、声像资料类司法鉴定项目，仍以国家发展改革委、司法部发改价格〔2009〕2264号制定的收费标准为基准价，司法鉴定机构和委托人根据鉴定工作的难易、复杂程度等情况在国家规定基准价内协商确定收费标准。

符合法律援助条件的受援人，凭法律援助机构提供的有效证明申请司法鉴定的，司法鉴定机构按照有关规定减收或者免收受援人的司法鉴定费用。

对于不符合法律援助条件但确有困难的，司法鉴定机构可以酌情减收或者免收相关的司法鉴定费用。

司法鉴定机构接受指派承办的法律援助案件，不得向受援人收取任何费用。对经济确有困难，又不符合法律援助范围的公民，应减收或免收司法鉴定费用。