工程竣工后发现施工合同无效的，牵涉到的主要就是工程款的结算问题，对于此要分两种情况：

一、建设工程竣工验收合格的。此种情形下，承包人可以向发包人要求按照合同约定支付工程价款，发包人拒绝的，承包人可以向有管辖权的法院提起诉讼，请求法院判决发包人依照合同约定支付工程价款，法院应予以支持。

二、建设工程经竣工验收不合格。这种情况下，要按照以下情形分别处理：

（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人可以请求承包人承担修复费用，承包人拒绝的，发包人向法院请求的，法院应予支持；

（二）修复后的建设工程经竣工验收还是不合格的，承包人无权请求支付工程价款，法院对此请求不予支持。

同时，因建设工程不合格造成的损失，发包人存在过错的，也应承担相应的民事责任。

一、开票工程款项目的具体包括那些内容？

工程款按支付阶段不同通常可分为预付款、进度款、竣工结算款和质保金。

1、预付款。预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。

2、进度款。进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。

3、结算款。结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。

公司在支付工程款时应当索取发票。

二、违法分包合同如何处理

违法分包合同无效，但已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款。

《民法典》第八百零六条规定，承包人将建设工程转包、违法分包的，发包人可以解除合同。

发包人提供的主要建筑材料、建筑构配件和设备不符合强制性标准或者不履行协助义务，致使承包人无法施工，经催告后在合理期限内仍未履行相应义务的，承包人可以解除合同。

合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款；已经完成的建设工程质量不合格的，参照本法第七百九十三条的规定处理。