1、工程项目招投标过程不规范按照我国有关建设政策法规要求，招投标不受地区、部门、行业的限制，采取公开招标、邀请招标等方式合理选择价优质高的施工单位。有些业主违反国家有关建设政策法规，擅自采取私下议标并提出如带资或垫资等一些苛刻条件。而在当今激烈竞争的市场经济条件下，施工单位为承揽到工程不得以而违心承诺。由于业主在一期工程中拖欠了施工单位的工程款，直接指定承包商或分包商，更有甚者搞假招标，给将来的工程竣工结算埋下了隐患。

2、合同管理观念淡薄。如今的市场经济，就是法律经济。建设工程施工合同是业主和承包商之间明确双方权力、义务的法定性文件，各方应予高度重视。在起草合同时，应由专业技术人员与造价合同管理人员共同斟酌确定合同的内容、条款、细则，但有些单位重视不够，专业技术人员与造价合同管理人员很少参与合同的起草，而是由某些领导直接操纵，以谋取某些利益。施工合同的重要之一就是工程造价，合同中的诸多条款最终都要反映和表现为工程造价，从这种意义上讲，对施工合同的管理，也就是对工程造价的管理。

3、工程开工前的准备工作不完善。建设工程开工前的五通一平即路通、水通、电通、气通、通讯通，通常应由业主来完成。目前，相当一部分建设工程在承包商正式进入施工现场时，五通一平条件不具备，业主只好委托承包商全部或部分完成，而双方又未正式签定书面协议或合同，只有业主的口头承诺，给今后的工程结算埋下隐患。

4、施工过程中的不规范行为。工程在建设期间，业主与承包商、设计单位、监理单位势必要发生一系列的工作关系。不论哪一方在施工过程中发生了不规范行为都会影响到工程今后的结算。如业主办事程序繁琐、效率低下，施工单位呈报的有关工程事宜不能及时得到反馈，而施工单位又不敢随意耽搁工期，造成工程量的变化；工程在建设施工过程中不可避免地要发生一些设计变更、工程签证，若其程序不合法，手续不齐全，签字不及时，引起变化的工程量就缺乏结算的依据，待工程结算时再进行补充，容易引起意见分歧。