不合法，迟到扣工资和全勤根据我国《宪法》规定：公民合法的私有财产权不受侵犯。依照《立法法》和《行政处罚法》的规定，对财产的处罚只能由法律、法规和规章设定。公司是以营利为目的的经济组织，当然无权在规章制度中设定罚款条款。因此单位不能对员工处以罚款。由于法律对维护劳动者合法权益和提高公司管理效益二者都要兼顾，对于劳动者肆意迟到等违反劳动纪律的行为，用人单位虽然不能罚款但是有权在规章制度中制定相应的考勤制度合理扣发一定的全勤奖。

一公司辞退员工的程序

1、认定员工违反公司章程，必须依据合法有效的规章制度，合法有效的规章制度是用人单位辞退员工的重要依据。《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第19条明确规定，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律规定，行政法规以及政策性规定，并已经向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。只有依据合法有效的规章制度做出来的辞退决定，才可以成为仲裁机构或者司法机关的判案依据。所以用人单位一定要建立起合法有效地规章制度，才能将其作为判断劳动者是否严重违反章程的客观依据。

2、规章制度只有公示过才能对员工产生法律效力。《劳动合同法》第四条规定：用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果用人单位没有证据证明规章制度已经公示或者向劳动者告知的话，该规章制度不能作为辞退劳动者的依据。所以用人单位一定要将该合法有效地规章制度公示或者告知劳动者，才能将其作为判断劳动者是否严重违反章程的客观依据。

3、必须有证据证明劳动者严重违反规章制度。如果单位没有注意搜集保存能够证明劳动者严重违反规章制度的证据，就算是劳动者真的严重违反制度，但是在劳动争议中用人单位举不出来证据，就要败诉，法律讲究的是证据。因此在员工发生严重违反规章制度的情况下，用人单位应该及时取证。实践中要求劳动者做出书面的检讨或者解释、说明和承诺，留档备查是最有效和便利的方法。