企业分立合同纠纷可以采取协商、调解、仲裁、诉讼方式处理。企业进行分立的，应当订立分立协议，按照规定办理登记。因分立合同发生纠纷的，可以依法向人民法院提起诉讼。

一、企业撤并后的债权债务怎么处理

企业撤并后的债权债务按下列方式处理：

1、当事人订立合同后分立的，除债权人和债务人另有约定的以外，由分立的法人或其他组织承继；

2、公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继；当事人订立合同后合并的，由合并后的法人或其他组织承继。

二、企业分立过程

公司分立程序比较复杂，通常公司分立应经历下列程序：

(一)内部决策程序

1、召开公司董事会议。董事会作出公司分立的决议，制定分立计划和分立协议(草案)。

2、召开股东(大)会。董事会将公司分立议案提交股东(大)会表决，表决时按公司特别议事规则表决。

(二)起草分立计划或分立协议

分立计划书是由分离公司董事会制作和决议通过的，并须提交公司股东(大)会表决。

分立协议是由分立公司与相对公司董事会协商制定，并经其决议通过后，提交各自股东会批准的法律文书。

(三)分割财产

在分立事项获得批准后，分立企业应当组织人员进行财产分割，并且需要编制新的资产负债表和财产清单。

(四)向债权人履行通知义务

根据公司法规定公司应当在作出分立决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告。若债权人有异议的应当按规定做出相应的安排。

(五)办理公司分立审批与登记手续

1、审批手续

对于外商投资企业分立需要外商投资主管部门审批，对于上市公司需要证监会审批，对于国有企业需要国有资产管理部门审批。

2、办理工商变更登记手续

对于公司分立涉及登记事项变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记手续，对于涉及公司解散的，应当依法办理公司注销登记手续，对于涉及设立新公司的，应当依法办理设立登记手续。

三、公司分立的流程

公司分立是指一个公司在依照公司法有关规定的情况下，通过股东会议分成两个以上的公司。企业分立的程序与公司合并一致，需要按照严格的法定程序进行，大致过程如下：1.董事会拟订分立方案报股东大会作出决议。公司分立方案由董事会拟订并提交股东大会讨论决定;股东大会作出分立决议，必须经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。2.由分立各方，即原公司股东就分立的有关具体事项订立协议。3.依法办理有关审批手续。股份有限公司分立，必须经国务院授权的部门或者省级人民政府批准。4.处理债权、债务等各项分立事宜。公司分立，应当编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出分立决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。5.依法办理变更登记手续。因分立而存续的公司，其登记事项发生变化的，应当申请变更登记;因分立而解散的公司，应当申请注销登记;因分立而新设立的公司，应当申请设立登记。公司应当自分立决议或者决定作出之日起45日后申请登记。