根据《土地管理法》、《土地权属争议调查处理办法》及其他相关法律法规的规定，宅基地权属争议处理程序主要有协商、调解、行政裁决、行政复议或行政诉讼等，具体如下：

一是协商。协商是争议双方对自己权利处理的一种方式，是私法自治原则的体现，所以，协商必须建立在自愿、平等、真实的基础之上。协商处理的内容不能违法或者违反社会公德、侵害社会公共利益或者其他主体的合法利益，否则协商内容也无效;经过自愿、平等充分协商达成协议的，双方在和解协议上签字盖章后，对双方具有约束力。

二是调解。首先，争议双方不能达成和解协议或者一方对调解协议反悔的，应当以书面形式，向相应的人民政府或土地主管部门申请调解。县级以上国土资源行政主管部门负责宅基地权属争议案件的调查和调解工作。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，也可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。其次，书面审查。人民政府或土地主管部门收到申请以后，在7个工作日内进行书面审查。再次，调查处理。人民政府或者土地主管部门经审查，对受理的宅基地权属争议案件，应当审查双方当事人提供证据材料，经调查属实的，以自愿、合情、合法的形式进行调解，调解达成协议的，应当及时制作调解书。调解未达成协议的，政府或宅基地主管理部门应当及时提出调查处理意见。因未达成调解意见，所以法律关系一直处于不稳定状态，为了恢复正常的法律关系，政府或宅基地主管理部门应当及时处理。所以，《土地权属争议调查处理办法》第30条规定，受理争议案件的机关应当自受理土地权属争议之日起6个月内提出调查处理意见。因情况复杂，在规定时间内不能提出调查处理意见的，经政府或宅基地主管理部门的主要负责人批准，可以适当延长。

三是行政裁决。人民政府或土地主管部门对宅基地权属争议案件受理后，未达成调节协议的，提出调查处理意见，在5个工作日内应当报上级或同级人民政府作出处理决定，即行政裁决。对此行政裁决，当事人既不申请行政复议，也不提起行政诉讼，即发生法律效力。研究表明，通过人民政府或土地主管部门下达处理决定解决宅基地权属争议案件数占总数量的47.4%，基本接近半数。所以，政府作出的具体行政行为，即下达的有关处理决定，是解决宅基地权属争议的主要形式。

四是行政复议或行政诉讼。根据《行政复议法》、《行政诉讼法》和有关土地管理法规的规定，宅基地权属争议当事人对于下列两种情况可以申请行政复议或提起行政诉讼：

第一，有关人民政府对上述调查处理意见作出的处理决定;

第二，对于宅基地权属争议当事人的申请，有关的人民政府作出的不予受理决定。

对于以上两种情况，当事人可以先申请行政复议，对复议结果不服的，可以提起行政诉讼;也可以不经复议，直接向人民法院提起行政诉讼。

宅基地非权属争议纠纷处理程序。对于宅基地非权属争议纠纷的处理，如宅基地侵权、宅基地违法或其他宅基地纠纷，不牵涉宅基地确权问题的，争议双方可以直接向人民法院起诉;也可以按照宅基地权属争议处理程序一样，先行协商。对协商无法达成一致意见的，可以申请调解、行政裁决。对于处理不服的，可以申请行政复议或向人民法院起诉。

笔者认为，在处理这类矛盾时，应当重点把握宅基地权属争议和宅基地非权属争议的区别，两者区别的关键点是宅基地权属确权，在确权之前主要是权属争议，在此之后的侵权、违约等行为为非权属争议。但由于宅基地纠纷具有复杂性，有的跨越历史幅度大，矛盾积累时间长，具体复杂问题要结合具体的政策和法律，进一步研究解决。

宅基地权属争议处理的特殊原则：

宅基地权属争议处理原则主要有以下两个方面：

一是行政处理前置程序原则。主要是指对宅基地权属争议案件，在最终提起行政诉讼之前，必须经相关的行政机关依法作出行政处理决定，否则人民法院不予受理。

二是现有利益保护原则。现有利益保护原则，主要内容是指在宅基地权属争议解决之前，即在确权之前，任何一方不得改变宅基地的现有状况，不得破坏宅基地上的房屋、林木及其他附属物现存状态。

宅基地纠纷特点

案件的涉及范围广，呈现多发易发特点。有关资料显示，近10年来全国每年民间调解的宅基地房屋纠纷数量约55.2万件。从土地争议案件在各类纠纷案件中的比例来看，宅基地房屋纠纷在全国每年调解的各类争议中占10%。而随着农村宅基地流转市场的建立，在农民住房财产权抵押、担保、转让过程中，宅基地纠纷更会越来越多。

长期性。宅基地纠纷的长期性主要表现为这类案件发生的年代久远。由于历史的原因，不少宅基地纠纷跨越了从1949年~1956年宅基地的私有制，到1956年后宅基地的公有制两种不同性质的年代;另外，我国对宅基地总体上进行了4次确权，即土改、合作化、1962年的“四固定”、1982年《宪法》颁布前后土地权属的重新登记。因此，一些宅基地纠纷案件时间跨度大，调查取证极其困难，并且在处理上，不仅要考虑当时的时代背景和当时的政策，还要兼顾当前的法律、法规和政策。

复杂性。即在纠纷处理上，牵涉主体范围广，涉及法律多，处理程序复杂。宅基地作为农民最重要的财产之一，在纠纷的处理过程中，会涉及农户、村民组、村委会、乡和县级以上人民政府及其土地管理部门，涉及法律关系众多、主体复杂，从而也引致了适用依据和适用程序的复杂性。