专利行政诉讼中的证据问题是：

1、行政程序中的自我承认在诉讼中的效力，一方提供的证据，另一方明确承认的，可以确定证据的证明效力；

2、被申请人的专利被宣告无效后，可以对无效程序中无异议的证据提出异议，要求法院审查证据的真实性和证明效力。

国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。

一、专利权无效宣告请求的审查原则

专利复审委员会收到无效宣告请求书后，将组成合议组启动无效宣告请求审查程序（简称“无效宣告程序”），对请求无效宣告的理由是否成立进行审查。在审查过程中，除了和复审程序一样适用合法原则、公正执法原则、请求原则、依职权审查原则、听证原则和公开原则之外，还必须遵循以下原则。

（一）一事不再理原则

对于已经作出审查决定的无效宣告案件所涉及的专利权，如果再次提出无效宣告请求的，仅当无效宣告请求的理由或者证据因时限等原因未被在先的无效宣告请求审查决定所考虑时才予以受理。对于以同样的理由和证据再次提出无效宣告请求的，专利复审委员会将不予受理。

（二）当事人处置原则

在无效宣告程序中，请求人可以放弃全部或者部分无效宣告理由及证据。对于请求人放弃的无效宣告理由或者证据，专利复审委员会通常不再查证。

当事人有权在无效宣告程序中与对方自行和解。对于请求人和专利权人均向专利复审委员表示有和解愿望的，专利复审委员将给予当事人一定的期限进行和解，并暂缓作出审查决定，直至任何一方当事人要求其作出审查决定，或者指定的期限届满。专利权人可以在无效宣告程序中针对请求人提出的无效宣告请求主动进行修改，缩小专利权保护范围或者放弃从属权利要求。这种对权利要求的修改或放弃将被视为其承认相应的权利要求自始不符合法律规定，换而言之，即承认请求人对该权利要求的无效宣告请求，从而可以由此免去请求人相应的举证责任。

（三）保密原则

所谓保密原则，是指专利复审委员会合议组的成员在作出审查决定之前，不得私自将自己、其他合议组成员、负责审批的主任委员或者副主任委员对该案件的观点明示或者暗示给任何一方当事人。为了保证公正执法和保密，合议组成员原则上不得与一方当事人会晤。

二、保密专利经审查没有发现驳回理由怎么处理

1、专利申请涉及国防利益需要保密的，由国防专利机构受理并进行审查，经国防专利机构审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予国防专利权的决定。

2、法律依据：《中华人民共和国专利法实施细则》

第七条专利申请涉及国防利益需要保密的，由国防专利机构受理并进行审查；国务院专利行政部门受理的专利申请涉及国防利益需要保密的，应当及时移交国防专利机构进行审查。经国防专利机构审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予国防专利权的决定。

国务院专利行政部门认为其受理的发明或者实用新型专利申请涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的，应当及时作出按照保密专利申请处理的决定，并通知申请人。保密专利申请的审查、复审以及保密专利权无效宣告的特殊程序，由国务院专利行政部门规定。