一、产生原因不同。

股东的权利虽然多种多样，但总的来说，股东的权利可以分成两大类：股东的个人性权利和股东的共同性权利。股东个人性权利是指法律或公司章程明确规定股东可以单独要求并实现的权利，诸如分配权利、认购股份的权利、要求记录其投票表决的权利等。股东共同性权利则是指股东根据与公司成员之间的契约而享有的、能够对公司事务和事项作出决议的权利。

股东代表诉讼是股东公司性权利因公司本身遭受到侵犯而间接受到损害，只有当公司因法定原因未起诉时，才可以由股东以自己的名义提起诉讼；而股东直接诉讼的起因则是因为股东个人性权利受到侵犯，股东以自己的名义提起诉讼。

二、诉讼目的不同。

在股东代表诉讼中，虽然公司和股东个人都是侵害行为的受害者，但公司是直接受害者，股东个人是间接受害者，股东提起诉权的目的是为了公司的利益，但也间接地维护了自己的利益；而在股东直接诉讼中，股东个人是侵害行为的直接受害者，股东行使诉权的目的是纯粹为了自身的利益，而非整个公司的利益。

三、诉讼被告不同。

股东直接诉讼只适用于公司及其内部人员侵害股东利益的情况，也即诉讼的被告只能是公司、控股股东、公司实际控制人、董事、经理、监事和其他公司高级管理人员。

股东代表诉讼适用的范围则比较广泛，凡是公司依法享有的诉权，只要公司机关不能或者怠于行使，股东均以代表诉讼的形式提起。因此，股东代表诉讼中的被告除了包括前述股东直接诉讼的被告外，还可以是损害公司利益的其他主体。

四、诉讼归属不同。

在股东代表诉讼中，原告股东仅享有形式意义上的诉权，至于实质意义上的诉权则属于公司，即形式意义上的诉权与实质意义上的诉权是互相分离的。因此，即使原告股东在代表诉讼中胜诉，则胜诉的利益应当归于公司，而非原告股东。倘若原告股东败诉，则不仅由原告股东负担该案的诉讼费用，而且该案的判决对于公司产生既判力，不仅其他股东不得就同一理由再次提起代表诉讼，公司的机关亦不得再就同一理由为公司提起直接诉讼；而在股东直接诉讼中，股东所享有的形式意义上的诉权与实质意义上的诉权是合一的，无论股东胜诉抑或败诉，一切利益和不利益均归属于股东，而非其所持股份的公司。

五、诉讼程序不同。

提起股东代表诉讼需履行一定的前置程序—用尽公司内部救济，而提起股东直接诉讼则不需要履行该程序。