1、公司以无形资产投资入股

关于营业税问题。根据《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释〉(试行稿)的通知》(国税发[1993]149号1993-12-27)第八条“以无形资产投资入股，参与接受投资方的利润分配、共同承担投资风险的行为，不征收营业税”之规定，以各种无形资产投资入股的行为，不属于转让行为，不属于营业税征税范围，即不征营业税。但对投资者以无形资产投资获得的股权转让，仍按转让无形资产税目征税。所谓“投资入股”是指无形资产所有者以无形资产投资后是否参与合资企业的税后利润分配，共同承担投资风险而言。如果是按销售额或营业额的一定比例提取应得转让费或者取得固定收入，不承担投资经营风险，则不属投资入股，而属于转让无形资产，应按转让“无形资产”税目征收营业税。

而对所得税问题，国家税务总局国税发[2000]118号文第三条规定：企业以经营活动的部分非货币资产对外投资，应在投资交易发生时，将其分解为按公允价值销售有关非货币性资产和投资两项业务进行所得税处理，并按规定确认资产的转让所得或损失，依法缴纳企业所得税。也就是说，企业以非货币资产(如无形资产)对外投资时，其公允价值大于其账面价值的增值部分，视同转让所得纳入应税所得计缴企业所得税；其公允价值小于其账面价值部分视同转让损失，在所得税前扣除。因此，若公司对外投资时，该无形资产存在增值或者评估增值的，就该增值部分应当计算缴纳企业所得税。

至于评估及投资时的账务处理问题，按以下方式处理：

(1)新《企业会计制度》规定：以非货币性交易换入的长期股权投资，按换出资产的账面价值加上应支付的相关税费，作为初始投资成本。

①评估价值>账面价值时

借：长期投资-股权投资(投出资产账面价值+相关税费)

贷：无形资产(账面价值)

递延税款(评估价值-账面价值)×税率

②评估价值≤账面价值时

借：长期投资——股权投资(投出资产账面价值)

贷：无形资产(账面价值)

(2)如果企业执行旧的会计制度

①评估增值时

借：长期投资-股权投资(投出资产公允价值)

贷：无形资产(账面价值)

递延税款(公允价值-账面价值)×税率=税金

资本公积(公允价值-账面价值-税金)

②评估减值时

借：长期投资——股权投资(投出资产公允价值)

营业外支出(账面价值-公允价值)

贷：无形资产(账面价值)

2、个人以无形资产投资入股

关于营业税问题。根据前述国税发[1993]149号文件第八条的相关规定，个人以无形资产投资入股同样符合该文件规定的免征营业税条件，因此对个人以无形资产投资入股的行为，不应征收营业税。

至于个人所得税。根据《国家税务总局关于非货币性资产评估增值暂不征收个人所得税的批复》(国税函[2005]19号2005-4-13)“考虑到个人所得税的特点和目前个人所得税征收管理的实际情况，对个人将非货币性资产进行评估后投资于企业，其评估增值取得的所得在投资取得企业股权时，暂不征收个人所得税。在投资收回、转让或清算股权时如有所得，再按规定征收个人所得税，其‘财产原值’为资产评估前的价值”之规定，对个人以无形资产投资入股时的评估增值部分，不予征收个人所得税。但在转让该项股权时，其作为转让收入抵扣价值的财产原值，只能以评估前的价值为标准，而不能以评估增值的价值为标准。事实上意味着，个人所得税合法地递延至转让股权时再予征收。