1、与招拍挂方式相比，协议转让的成本较低，但由于其运作过程与市场分离，实际上只有少数开发商有机会与转让方进行谈判，而这种谈判通常是在“暗箱”条件下进行的。许多没有相关信息的开发商被排除在竞争之外。缺乏竞争性和开放性，会导致土地出让价格低于土地市场价格，二者的价差形成经济学上所谓的“租金”。从追求自身利益最大化的开发商的角度来看，在支付土地使用权的行政价格之外，再支付一个低于租金的价格，是非常划算的。在一些负责土地出让权的官员看来，与开发商的额外租金相比，守法的好处微不足道。努力维持土地使用权的出让价格，保护国家利益已成为非常不明智的举动。相反，为争取更多租金而降低价格的努力对他们有相当大的激励作用。巨大的经济利益使得贪官与开发商相互勾结瓜分国有土地收益。从城市土地出让市场的现状来看，寻租行为主要有三种方式：（1）地方政府寻租，地方政府追求地方经济利益，当国家和地方利益发生冲突时，必然要努力维护地方利益，比如土地出让金是各级政府的重要财政来源，一方面地方政府会分担过多的公共设施成本，另一方面为了照顾本地企业，吸引外资优先出让土地，地方政府可以利用实际控制土地出让金和国家寻租。（2）政府各部门之间的寻租活动和土地的租赁，使土地资源形成了潜在的巨大收益。因此，擅自批地、多次批地、任意改变土地利用性质的现象屡禁不止，形式和手段日益多样化。（3）由于利益巨大，缺乏有效的约束机制，开发企业与政府之间的寻租现象时有发生。一些政府官员在出让土地时，依靠自身权力，以牺牲国家利益为代价，谋求高额回报。通过行贿，开发公司还可以低价获得“关系地”和“人地”等。社会寻租的损失是显而易见的。首先，寻租是一种非生产性活动，会造成社会福利的损失。过高的利润吸引了大量开发商进入市场，开发商之间也会出现竞争。因为最终只有一个赢家，大量的社会财富被官员消耗为开发商在竞争中的“公关”支出，造成资源的巨大浪费。其次，寻租蔓延扰乱了正常的市场秩序。在寻租过程中，通过正常渠道参与土地使用权竞争的开发商面临着非常严峻的选择：要么同舟共济，要么被挤出市场。市场秩序的扰乱给我国土地使用权流转制度带来了巨大冲击。其次，寻租扭曲了资源配置。为了得到租金，官员们争相出售土地。这将严重危害我国农业生产和粮食安全。低行政地价使得价格杠杆在土地流转过程中失效，扭曲资源配置，脱离社会期望水平，造成福利损失。最后，从政治上讲，寻租现象损害了土地出让的法律基础，降低了群众对政府的信任，损害了国家和人民的经济利益，不利于社会的持续健康发展。除了寻租现象造成的国家利益受损外，地方政府竞相降价、低价出让土地使用权以吸引投资，这也导致国民土地收入大幅减少。在2011年底举行的“中国地价论坛”上，全国人大环境资源委员会委员王×金说：“有专家估计，每年国有土地资产流失约100亿元。我认为这个数字很保守。粗略地说，亏损数字应该在数百亿到数千亿之间。”实际上，在综合投资环境较好、开发商竞争较多的地区，政府不必低价出让土地使用权。在没有开发条件的情况下，或是大量地方政府竞相争夺少数开发商的情况下，依靠低价吸引开发商投资是比较方便的手段，一系列优惠政策往往与低价相配套。这种降价出让不是市场上的调价行为，而是政府的效用函数与土地出让本身追求的效用函数不一致造成的。由于寻租现象的蔓延，土地出让成为政府收钱的手段，投资额成为考核官员政绩的重要指标，这使得大量土地开发条件较差，甚至没有开发条件，参与竞争，人为创造土地买方市场。扰乱土地市场秩序，造成国有和集体土地资产严重流失，危害农业发展和粮食安全，破坏自然环境和生态平衡。