(一)基金会的合理性问题。当前，中国社会正处于转型期，如果社会政策方面不能进行改革与创新，就不可能使经济与社会的发展取得突破并获得重大成就。事实证明，单纯依靠政府力量，已不能解决众多复杂的社会问题，因而只能实行社会事业社会办的社会化政策和方法。自20世纪80年代以来，随着中国市场经济体制的建立，设立了众多基金会，其性质包括社会福利、慈善救助、助学培训、医疗保健、科学研究、文化艺术、生态环境、国际合作等，涉及各类公益事业，它们不但促进了社会发展，还解决了一些社会问题，并已经成为与政府部门和企业并存的第三部门，对社会财富的第三次分配起关键作用。一个文明健全的社会不仅需要有健全的政府体系，还要有健全的市场体系和健全的公共非营利体系。马克斯·韦伯在其名著《新教伦理和资本主义精神》中说道：当追求财富与道德自律同步发展时，才能达到现代企业家的最高境界。资本理性和道德理性的结合，会给社会创造健康的财富。今日中国尤其如此。因此，慈善文化已经成为社会第三次分配的灵魂，而作为第三部门姿态出现的民间慈善基金会组织，已日益成为和谐社会第三次财富分配的调节器。资料显示，在过去的10年中，中国内地已建立100余家社会公益机构，获得的民间捐助约为100亿元人民币。其中，中国最大的慈善组织——中华慈善总会自1994年成立以来，共收得善款善物合计人民币50多亿元。2004年出台的《基金会管理条例》第二条已明确了基金会的公益性质，即要求我国所有基金会都必须以从事公益事业为目的，这也是我国基金会存在的合理性的基石。

(二)基金会的有效性问题。为使基金会真正发挥作用，要解决其有效性问题，即如何才能有效提供公益服务，以达到其公益目的，要求基金会要有良好的资金募集系统及完善的服务提供系统。

资金募集系统。根据基金的来源不同，基金会的资金可分为两大类。一是创始基金。所谓创始基金指基金会在创立期间由捐赠者捐赠的专项募集基金，捐赠者可以规定赠品应永久地投资，其产生的收益用于资助某一特定项目。这一部分基金作为基金会存在的永久基金，只动息不动本，仅用利息支付基金会运作的行政开支和项目活动等费用。这是借鉴国外经验而设立的，目的是保证其他社会善款百分之百的用于慈善项目。二是募集基金。从资金募集渠道来看，主要分为三种方式：其一，政府筹款。一般官办的基金会都会由政府财政专门拨款，如，国家自然科学基金会;而其他非官办的公益机构还可能通过政府专项资助来进行项目运作。其二，公众筹款。包括企业筹款和个人筹款两部分。依据《基金会管理条例》第二十九条规定，基金会不得从事营利性活动。因此，对于民办基金会来说，这两种方式已成为基金会赖以存在发展的重要基础。几年来，随着公众慈善意识的增强，很多社会组织和企业都进行慈善捐款，每年《福布斯》都会发布中国慈善榜，以表彰那些对于慈善事业做出杰出贡献的人士。其三，投资增值。按现有法规，国家并不禁止公益机构进行投资。《基金会管理办法》第七条规定，基金会可以将资金存入金融机构收取利息，也可以购买债券、股票，但购买某个企业的股票不得超过该企业股票总额的20%。《公益事业捐赠法》第二十七条第二款规定：公益性社会团体应当严格遵守国家的有关规定，按照合法、安全、有效的原则，积极实现捐赠财产的保值增值。《基金会管理条例》第二十八条也规定，基金会应当按照合法、安全、有效的原则实现基金的保值、增值。国外一些基金会在资金保值、增值方面已有不少成功的经验。

服务提供系统。即解决基金会的基金使用问题。包括：其一，基金使用的要求。《基金会管理条例》第二十五条规定，基金会使用财产应当符合章程规定的宗旨和业务范围。可见，基金会使用受赠财产，必须符合两个要求：一是符合公益目的，二是符合本基金会的宗旨和业务范围。除基金会本身加强基金使用管理外，对行政机关擅自将基金会的募集基金作为财政预算外资金的行为也被财政部明文禁止。其二，基金使用的限度。《基金会管理条例》也对基金会公益事业支出重新作了量化规定，并对公募基金会和非公募基金会作了区别：公募基金会每年用于从事章程规定的公益事业支出，不得低于上一年总收入的70%，非公募基金会每年用于章程规定的公益事业支出，不得低于上一年基金余额的8%。其三，基金使用的对象。基金的使用属于公益事业支出，包括基金会从事公益事业的所有支出，具体内容包含公益资助项目的费用、执行项目的成本及基金会组织募捐的费用，但不包括基金会专职工作人员的工资、福利、基金会日常办公的行政开支。其四，基金使用的透明度要求。资金使用的不透明问题，是长期以来公众对基金会运营管理最大的质疑。近年来，一些基金会暴露出的问题已严重背离了基金会的宗旨，某些基金会打着慈善的名义进行圈钱，有的基金会弄虚作假骗取登记，有的擅自挪用捐赠收入，有的利用捐款进行违规投资致使资金流失，有的很少或者不开展公益活动。这些情况已严重影响了社会公众对基金会的信任。