用人单位因劳动者迟到，而按分钟数扣工资是合法的，除此之外，用人单位应依法在规章制度中明确上班迟到扣除工资的要求及标准，并已进行公开公示告知员工，且所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%；与以上任何一点相悖的，则迟到扣工资不合法。

一、用人单位克扣工资该怎么赔偿?依据是什么

克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。在员工已提供正常劳动的前提下，企业按劳动合同规定的标准应当支付给员工的全部劳动报酬，但是企业无正当理由扣减员工应得工资，则属于克扣工资。以下减发工资的情况不属于克扣工资：

1、国家的法律、法规中有明确规定的;

2、依法签订的劳动合同中有明确规定的;

3、用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;

4、企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准);

5、因劳动者请事假等相应减发工资等。

二、迟到扣全勤吗

是否扣除全勤奖金或其他金额，需根据公司内部规章制度进行，并且该制度应该由员工确认过。

1、根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2、但在实践中，上海等地区仲裁与法院已经没有严格按照20%标准去认定，公司并不能当然扣发员工工资。因为员工的过错，造成公司损失，如果公司制定了相应的奖惩制度，并且员工已经知晓确认，那么公司可以根据公司制度进行处罚，但是公司支付给员工当月的工资不能低于当地的最低工资标准。

三、扣工资不合法

如果确实给用人单位造成损失，是需要进行赔偿的，这时扣工资是合法的。其余只要是扣钱就是不合法的，劳动者可以到劳动监察部门投诉。如果正常上班扣工资，可以进行投诉，如果劳动者是正常提出辞职并离职的，用人单位也不可以乱扣押员工工资，在离职当天就应当结清所有的劳动报酬，不结也可以投诉。