补发工资缴纳个人所得税，各月应补缴的总额与当月工资计算出的税款，合并为补发当月应缴纳的个人所得税。在报经主管地税局审批后，可以将补发的工资分摊到所属期计算扣缴个人所得税，即将补发的工资划分到所属月份与当月工资收入合并，重新计算所属期间应纳的个人所得税税额，再减掉已缴纳的税额，余额为应补缴的税款。扣除已缴纳的个人所得税，即为应该补缴的税款。

补发工资扣税注意事项

注意以下三个关键点：

1、必须合理说明补发理由

政策性调资、职务晋升、新员工定级、单位筹建期或资金困难等原因各异，表现不同，证据也有差别，应具备合理性并能够证明真实性。

2、应在会计处理上相互呼应

这里分为两种情况：

第一，因资金困难原因的，当月工资正常计提，但未能实际发放，但会计入账能够显示各个月份工资计提的处理环节，自然没有问题；

第二，因其他原因补发的，比如员工评级引发的工资补发，在各个月份可能未做计提（因不知道能否评上），年末根据业绩评定级别补发工资，会计上要不要做调整处理？实务中也是态度不同，我的建议是既然要分摊计入各月，自然也应当会计进行调整，以实现会计处理和个税处理的统一。

3、是否需要到税务机关备案

实务中也是很不统一，我们的建议是，各地有明确规定，按照当地规定，如果当地没有明确规定，看金税三期个人所得税扣缴系统客户端能否接受调整补缴，如果能够直接处理留好资料即可。如果不能或者超出调整时间期限，应到税务机关备案处理。

《中华人民共和国个人所得税法》第十一条居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。