一、协议是否可以约定专利权

依据我国相关法律的规定，当事人是可以在协议中约定专利权的，当事人在协议中约定了专利权的，专利权的归属按协议约定处理。

二、相关法律规定

《中华人民共和国专利法》

第八条两个以上单位或者个人合作完成的发明创造、一个单位或者个人接受其他单位或者个人委托所完成的发明创造，除另有协议的以外，申请专利的权利属于完成或者共同完成的单位或者个人;申请被批准后，申请的单位或者个人为专利权人。

二、专利权人有哪些权利

1、独占权

专利权人对其发明创造享有独占性的使用、销售和进口的权利，其他单位或个人未经授权或者许可不得以生产经营为目的制造、使用、许诺销售、销售和进口其专利产品或者使用其专利方法、以及使用、许诺销售、销售和进口依照其专利方法直接获得的产品。这项权利体现了专利权的排他性，是专利权最重要的方面。2、转让权

专利权人拥有将其获得的专利所有权转让给他人的权利。转让专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。

3、实施许可权

许可实施权是指专利权人通过实施许可合同的方式，许可他人实施其专利并收取专利使用费的权利。许可的类型包括独占许可、排他许可和普通许可。专利实施许可的作用是实现专利技术成果的转化、应用和推广，有利于科学技术进步和发展生产，从而促进社会经济的发展和进步。

4、标记权

标记权即专利权人有权自行决定是否在其专利产品或者该产品的包装上标明专利标记和专利号。专利标记权的目的是为了提高这项发明创造的知名度，提高产品的信誉，并可在一定程度上防止假冒产品的出现。

5、请求保护权

当专利权没有得到专利权人的许可，擅自利用专利技术而构成的侵权行为，专利权人有权请求专利管理机关进行处理或者直接向人民法院起诉，以便获得法律保护，专利权人有权要求侵犯人停止侵权行为并赔偿经济损失。

6、放弃权

放弃权是指专利权人拥有放弃其专利的权利。专利权人可以在专利权保护期限届满前的任何时候，以书面形式声明或以不缴纳年费的方式自动放弃其专利权。专利法规定：“专利权人以书面声明放弃其专利权的”，专利权在期限届满前终止。专利权人提出放弃专利权声明后，一经国务院专利行政部门登记和公告，其专利权即可终止。