虽然国家意识到完善食品召回制度的必要性，社会上的呼声也越来越高。但是我国完善食品召回制度还面临着诸多困境，主要有：

第一，食品召回制度成本过高，国内企业难以承担。

食品召回制度其成本由食品的生产商、进口商和经销商承担。联合利华亚洲区质量保障食品总监ChrisTrevena认为对于食品企业来说，和其他紧急事务或灾害相比，产品召回更可能是一种危机.虽然，据美国学者研究，召回缺陷食品引起的所有者经济损失，平均占公司财产的1.5～3%.但是，一方面，我国食品生产企业规模相对较小，自身总体素质不高，食品召回的实行将使企业承担较大的经济责任，在这种情况下，大多数中小企业难以承受。另一方面，在我国没有产品召回责任保险制度的情况下，即使是规模较大的企业也难以承受食品召回的高额成本。

第二，食品安全法律体系不完善。

目前，虽然已有许多企业承诺实行食品召回，如京粮集团早在2003年就承诺全面履行召回义务.很多地方法规也规定了产品召回制度，但是我国食品召回还尚未以法律制度的形式推行。其原因就在于尚未健全食品安全法律体系。食品召回制度应当以相关法律为基础。我国在实行食品召回制度之前，必须建立健全食品安全法律体系，并使其具备公正性、合理性、科学性和可操作性。

从客观角度来看，首要的障碍就是食品溯源制度，在我国现有的条件下难以实施。食品溯源制度是食品召回制度的基础，没有完善的、顺畅的溯源条件，食品召回制度也只是一句空话。我国食品企业数量庞大规模小且分散，导致食品难以溯源，其中包括一大批非正规厂商，生产的很多食品连最起码的标识都没有，或者在标识上造假，出事后厂家无法找到，而像一些生鲜和农产品，由于其产品的特殊性.在很多情况下无法做到证据保全。食品难以溯源，这在客观上限制了食品召回的实施。同时，我国的检验技术手段还相对落后，这也直接关系到食品缺陷的评价问题。

第三，食品安全管理体制混乱。

我国市场上劣质食品泛滥的一个重要原因就是监管食品市场的行政部门职能不清。目前，对于食品安全工作，卫生部、国家质量技术监督检验检疫总局、工商总局环保总局等八个部委及其地方分支机构农业局、畜牧局、渔业局、环保局、卫生防疫站、工商局、质量技术监督局、贸易局、检疫局等都有职责监督管理食品的生产和管理，监管食品质量。但由于分工过细、职能重叠，结果是大家都在管，谁也管不好——七八顶大盖帽管不好一头猪。食品召回制度是在相关职能部门主导下的行为，因此必须明确相关部门及其职责，改变这种混乱局面。

第四，从主观角度来看，企业和消费者的观念落后是召回制度难以实行的重要原因。

在许多消费者眼里似乎被召回的食品都是不合格的产品，即使知道是防范于未然的召回，也往往对该品牌的产品留下极为不好的影响。实际上企业的食品召回行为实际上是负责任的行为，往往体现了该公司认真负责的态度和经营理念。在食品召回制度中，被召回的产品不一定都是大家传统观念中有毛病的产品。而我国食品企业而言囿于消费者召回产品是有毛病产品的观念，普遍认为进行食品召回意味着企业声誉受损。因此非万不得已就绝不能实施召回。在2005年的雀巢奶粉事件中，雀巢公司入乡随俗迟迟不提召回二字，其实正是这种观念作怪。