公司注销后，公司终止，法人资格消灭，所以借款协议无效，但在公司注销前，公司要清偿债务，借款协议未到期的，视为到期，公司要清偿完债务后才能注销。

《中华人民共和国公司法》第一百八十六条【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

第一百八十八条【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

一、公司注销后债务如何承担

通常情况下，公司注销前应当进行清算，清算时对债务作出处理。但是，很多情况下，股东为了逃避债务，不清算或者清算不合法甚至主动吊销执照的方式侵害债权人的利益，这种情况下，区分具体的情形，会有以下债务清偿方式：

1、公司股东滥用股东权逃避债务，应承担连带责任。股东为了逃避债务，常常恶意注销公司，或者转移财产后注销公司等，此时，债权人可以依据公司法的相关规定追索相关股东，以实现债权。

2、清算人员具有违法行为应当承担责任。依据公司法的具体规定，清算组及清算人员在清算过程中具有违法行为，将被处以罚款等处罚；同时没收违法所得。

3、根据合伙企业法、破产法的具体规定清算。合伙企业清算中，清算人有违法行为，对债务承担偿还和赔偿责任；个人独资企业解散后，原投资人对企业债务承担偿还责任；在企业破产时，行为人具有破产法规定的行为时，法定代表人或其他直接责任人员依法承担赔偿责任。

二、公司立案后注销了还有效吗

公司立案后注销了，则立案无效。

公司注销了，也就不存在公司法人，所以无法起诉公司法人。当事人可以起诉公司的股东维权。

公司被注销后，如未进行清算或者破产的，以该公司的股东、发起人或者出资人作为当事人；公司经过清算或者破产程序的，公司债务视为处理完毕。如有未了结的债务，应以从公司取得清算资产的股东为诉讼主体。

《最高法院关于民事诉讼法的解释》第六十四条，企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。