实践中，企业和职工方在特殊工时制中的加班争议误区主要有四个方面：一是不少劳动者对综合工时制中加班工资的有无存在误解，以为休息日加班也应有加班费，一旦企业的综合工作时间符合法定标准，职工提出的仲裁申请是得不到法律支持的；与此对应的是认为实行特殊工时制，员工无论如何加班一律没有加班费。二是部分企业在原执行特殊工时制行政许可决定书到期后未及时申报的情形。这种情况往往导致双方实际执行综合工时制，但由于缺乏行政许可的必要生效要件，双方很容易发生关于加班费的争议。这也导致企业只能按标准工时制处理加班问题。三是某岗位已被劳动行政部门批准执行特殊工时制度，但双方劳动合同中约定执行标准工时制度。一旦产生加班，企业认为还可以按照特殊工时制来处理，但按照《劳动合同法》相关规定，该情况仍应按照标准工时制度来核算相应的加班工资。第四种情况是部分个体经营组织自行规定特殊工时制。

约定特殊工时制度是否有效

第一，根据《劳动合同法》第十七条规定，劳动者与用人单位之间的劳动合同应当具备以下条款：

（一）用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；

（二）劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；

（三）劳动合同期限；（四）工作内容和工作地点；

（五）工作时间和休息休假；

（六）劳动报酬；

（七）社会保险；

（八）劳动保护、劳动条件和职业危害防护；

（九）法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。而劳动时间怎样安排，就涉及单位实施的是何种工时制度。

第二，实施不定时或综合计算等特殊工时，需要经过劳动部门行政审批。然而在实践中，不少用人单位未申请过综合计算工时或不定时工时，就擅自实施起来，理由是合同当中有约定。有的虽有批复但已经过期。还有些用人单位虽在与劳动者签订的劳动合同中约定实行标准工时，但在签订劳动合同后获得了劳动行政部门的许可，同意其在相关岗位实行不定时工时或综合计算工时制，而用人单位与劳动者并未对劳动合同中约定的工时制度进行变更。这些做法确实引发了一些矛盾，那特殊工时制的约定与劳动行政部门批复之间的关系如何，在执行时以约定为准还是以批复为准呢。

第三，若要对劳动者所在岗位施行特殊工时制，需要同时满足两大要件：第一，得到劳动行政部门的批复；第二，劳资双方约定明确。也就是说，如果仅有劳资双方在劳动合同中约定实行特殊工时制，但未获得劳动行政部门的行政审批，是不能对劳动者实行不定时工时制的。如果劳动者所在岗位得到劳动行政部门关于不定时工时制的批准。如果单位确有审批手续，但在劳动合同中约定实行标准工时，还是应按标准工时执行。

《中华人民共和国劳动法（2018修正）》第四十一条用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。