结算方式是指社会保险经办机构支付属于基本医疗保险范围内的医疗服务实际发生费用的方式，即对医疗服务方的付费方式。结算方式多种多样，每种结算方式都与医疗保险制度的模式和运行机制相关，与当地医疗保险管理条件和能力相关。每一种办法也都各有利弊。在我国，按照基本医疗保险统账结合、分开核算的制度要求和医疗服务管理的特殊需要，要求在制定基本医疗保险费用结算方式时，必须切实按照基本医疗保险基金管理的需要，充分考虑当地实际和管理条件、管理水平，针对统筹基金和个人账户的不同管理特点和不同医疗服务费用的支出特点，科学合理地制定结算方式，并根据不同结算方式的功能、适用性和利弊，以及不同医疗服务与费用支出的特点，确定结算标准和管理审核措施。

对不同的结算方式可以有多种分类。按付费的时间可以分为预付制和后付制。无论预付制还是后付制，都有总额付费和定额付费的方式。预付制的特点是控制能力强，但可能导致医疗服务差，必须加强对医疗服务的规范性要求。后付制的特点是对医疗服务费用支付有充分的依据，后付制方式也不存在支付审核的技术难度，但出于医疗服务方自身利益，会变相扩大或刺激诱导医疗消费，从而导致基金入不敷出。因此，必须对医疗服务的范围、数量给予严格的限定，这种限定应尽可能符合基本医疗诊疗规范，并明确基本医疗保险基金的支付范围。同时，针对两种结算方式的利弊，要将各项技术参数和控制管理措施在结算标准上给予完整的体现，以保证结算审核有充分的依据。

按付费的医疗服务内容可以分为项目付费和单元付费或病种付费等。服务项目付费是最早使用的付费方式。服务单元付费或按病种付费，是在完善服务项目付费基础上发展起来的一种付费方式，是按一定分类标准对医疗服务项目归类付费的方式，换句话说，就是同类服务项目付费的集合。因为单元付费是项目付费的归类，因而其付费方式较之项目付费更有利于推进医疗机构合理施诊，更有利于保险机构对医疗费用加以审核和控制，但这两种方式由于各国都没有基本认同的科学合理的基本医疗规范和收费标准，因而导致医疗服务方出于自身利益而人为扩大医疗消费的弊端。此外，按服务单元付费，需要健全的诊疗规范和资料管理基础，其分类和费用标准的确定都存在一定的难度。

针对上述不同付费方式的特点、利弊和适用性，按照国家基本医疗保险费用结算管理意见，各地可选择一种方式为主、多种方式结合使用的结算方式。在一个统筹地区，可根据基金支出总量控制的要求，确定\"总额控制、定额管理、合理调整\"的主体结算方式，同时根据不同医疗服务费用和服务机构，确定具体的结算方式和结算标准。