1、进一步明确了“非法证据”的认定标准。《解释》规定，使用肉刑或者变相肉刑，或者采用其他使被告人在肉体上或者精神上遭受剧烈疼痛或者痛苦的方法，迫使被告人违背意愿供述的，应当认定为刑事诉讼法第五十四条规定的“刑讯逼供等非法方法”。对刑事诉讼法第五十四条规定的“可能严重影响司法公正”，应当综合考虑收集物证、书证违反法定程序以及所造成后果的严重程度等情况作出认定。

2、进一步明确了申请排除证据的程序。规定当事人及其辩护人、诉讼代理人申请人民法院排除以非法方法收集的证据的，应当依法提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等相关线索或者材料；并规定人民法院在向被告人及其辩护人送达起诉书副本时，应当告知其申请排除非法证据的，在开庭审理前提出，但在庭审期间才发现相关线索或者材料的除外。

3、明确了对取证合法性的审查、调查程序。《解释》规定：

(1)开庭审理前，当事人及其辩护人、诉讼代理人申请排除非法证据，人民法院经审查，对证据收集的合法性有疑问的，应当召开庭前会议，就非法证据排除等问题向控辩双方了解情况，听取意见。

(2)法庭审理过程中，当事人及其辩护人、诉讼代理人申请排除非法证据的，法庭经审查，对证据收集的合法性有疑问的，应当进行调查；没有疑问的，应当当庭说明情况和理由，继续法庭审理。对证据收集合法性的调查，根据具体情况，可以在当事人及其辩护人、诉讼代理人提出排除非法证据的申请后进行，也可以在法庭调查结束前一并进行。开庭前已掌握非法取证的线索或者材料，开庭前不提出排除非法证据申请，庭审中才提出申请的，应当在法庭调查结束前一并进行审查，并决定是否进行证据收集合法性的调查。需要说明的是，《关于办理刑事案件排除非法证据若干问题的规定》曾规定:“被告人及其辩护人在开庭审理前或者庭审中，提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭在公诉人宣读起诉书之后，应当先行当庭调查。”实践普遍反映，对取证合法性一律当庭先行调查，不适应具体案件复杂情况，不利于提高庭审质效，同时也易致庭审功能异化。鉴此，综合各方面意见，《解释》对上述规定作了修改完善。

(3)经审理，确认或者不能排除存在以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当排除。人民法院对证据收集的合法性进行调查后，应当将调查结论告知公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人。