因房地产项目时间比较长，大部分房地产企业是按预收款的一定的比例预交的土地增值税。土地增值税项目清算，就是对符合清算条件的项目进行清算。

1、凡符合下列情况之一的，纳税人应到主管地方税务机关办理土地增值税清算手续：

（1）全部竣工并销售完毕的房地产开发项目。

（2）整体转让未竣工的房地产开发项目。

（3）直接转让土地使用权的项目。

（4）纳税人申请注销税务登记的房地产开发项目。

2、符合下列情况之一的，主管地方税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：

（1）纳税人开发的房地产开发项目已通过竣工验收，在整个预（销）售的房地产开发建筑面积达到可销售总建筑面积的比例85％（含）以上的。

（2）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。

（3）经主管地方税务机关进行纳税评估发现问题后，认为需要办理土地增值税清算的房地产开发项目。

相关法律规定：

《建设工程价款结算暂行办法》

第十一条：工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理：

（一）国家有关法律、法规和规章制度；

（二）国务院建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定；

（三）建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证，以及经发、承包人认可的其他有效文件；

（四）其他可依据的材料。

一、土地增值税清算流程

对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。

对于符合第二种清算条件，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。

纳税人清算土地增值税时应提供的清算资料：

（一）土地增值税清算表及其附表（参考表样见附件，各地可根据本地实际情况制定）。

（二）房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况。

（三）项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件。