首先，推行内部控制审计是行政事业单位改善内部控制环境的前提和基础。控制环境是构成一个组织内部控制的氛围，反映组织内部人员特别是管理层对内部控制的态度，是所有控制方式与方法赖以存在与运行的环境。控制环境和单位管理层的管理理念及单位的组织文化息息相关。行政事业单位要建设高效、廉政、节约的形象，就必须营造理性、严谨、务实的控制环境。内部控制审计站在超然独立的立场，通过监督和评价内部控制制度的健全、有效，促使管理层及相关部门对内部控制的重要性和必要性有新的正确认识并给予充分的重视，促进管理理念和组织文化的更新和升华，有效改善控制环境。一个单位有了良好的控制环境，管理层就能重视内部控制的建设，根据单位的实际情况不断完善内控制度，单位内部全体人员就能自觉遵守各项制度，保证组织目标的实现。尤其是在审计的基础上不断完善行政管理制度和经费开支审批制度，不断提高内部控制制度的针对性和科学性并严格落实到位，从而有效地控制行政费的大幅增长和铺张浪费。

其次，推行内部控制审计是行政事业单位提高风险意识，加强风险管理的客观需要。风险是单位目标无法实现的可能性。任何一个单位在发展过程中都会面临来自单位内外部的多种风险因素的影响，如：国家政策风险、行业风险、市场风险和财务风险等。风险管理是指一个单位为达到其目标而确认和分析相关风险，并在此基础上对风险进行管理的过程。行政事业单位的目标是在一定的经费保障下履行国家赋予的公共管理职能。这个目标既要求全面履行好职责内的公共管理职能，又保证有限的行政经费发挥最大的效应，二者是相辅相成互为前提的关系，要履行好职能就必须用好经费，用好了经费也就保证了职能的落实。风险管理的首要工作就是识别影响单位目标实现的各类风险因素，在此基础上建立风险管理机制。开展内部控制审计，就是通过审查和评价单位的内部控制情况，确定存在的风险因素，并加以识别和分析，采取有效措施加以防范，把风险降低到最低或可允许的程度，保证组织目标的实现。

第三，推行内部控制审计是行政事业单位加强交流沟通，促进信息对称的根本途径。内部控制是确保管理指令得到执行的政策和程序，是针对影响单位目标实现的各类风险而采取的各种措施和手段。这些政策、程序、措施和手段的全面落实，有赖于单位内部各部门、各成员取得共识，加强协作配合，因此交流和沟通显得格外重要。另外，与主管单位及有关联的其他单位的交流和沟通，对加强单位的内部控制也有促进作用。开展内部控制审计的一个重要作用，就是强化单位内外对内部控制制度的理解，促进各相关单位或部门之间信息的对称和透明，加强部门之间在授权、不相容职务相分离、独立业务审核、资产和记录的接近限制等具体控制环节的协作和配合，按照成本效益原则优化内部控制结构，并根据各部门沟通反馈的因管理环境或业务性质的改变情况，适时调整、完善内部控制系统，从而保证内部控制的健全有效。

第四，推行内部控制审计是行政事业单位改善内部控制，加强内部监督制约的有效手段。内部控制是动态的、持续的，也是不平衡的，受时间、地点、政策、具体执行人等因素的变化而变化。内部控制的有效执行，仅靠各部门和相关人员的自主执行是不够的，常常会因为相关部门和相关人员的串通作弊或不作为而失效，因此还需要建立健全监督机制，对内部控制运行质量不断进行评估，即对内部控制设计、运行及修整活动进行评价。这就要求不断改善内部控制活动，加强内部监督制约机制，最有效的手段就是开展内部控制审计。内部控制审计通过审查和评价内部控制的健全性和有效性，评价相关部门和人员执行内部控制制度的情况，监督其充分、有效地执行内部控制制度。