用人单位在对工伤认定书中的劳动关系存在异议时，协商不成的前提下应当向劳动仲裁委员会申请仲裁。对于已经作出了工伤结论认定后，用人单位提出对劳动关系存在争议时如何处理，关键点是要厘清劳动关系与工伤认定之间的关系。

一、工伤认定以后怎么办理索赔

工伤认定以后，员工或者单位根据医院的治疗发票、工伤认定书、劳动能力鉴定书等向社保中心申请待遇审核，下发工伤待遇，包括医疗费用以及伤残补助费用。根据《工伤保险条例》第十八条第一、二款规定，提出工伤认定申请应当提交下列材料：（一）工伤认定申请表；（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。工伤认定申请表应当包括事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。

二、没签订劳动合同工伤怎么办

用人单位与职工之间没有签订劳动合同，职工在工作期间受工伤的，职工可以先向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，证明双方之间存在劳动关系，再申请工伤认定，如果职工被认定为工伤的，职工就可以享受相应的工伤待遇。享受工伤待遇的前提是双方存在劳动关系，没有劳动合同的，职工应当积极证明双方存在事实上的劳动关系，以获取工伤待遇。

三、在上班期间发生工伤怎么赔偿

按流程先申请工伤认定，赔偿金额只有等鉴定等级后才能最终确定。1、向人力资源和社会保障局(原劳动局)申请工伤认定，公司需要在事故发生的一个月内申报，如果公司不申请，则工伤职工或者其近亲属在一年内提出认定申请。需提交材料：工伤认定申请表(人社局的网站一般有下载)、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明等；2、如果经过治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，应当申请劳动能力鉴定，向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请(一般设立在同级人力资源和社会保障局)；3、根据不同的伤残等级，获得的补偿是不一样的。主要的补偿是：医疗费、一次性伤残补助金、一次性就业补助金、一次性医疗补助金、停工留薪期工资、伙食补助费、护理费等；4、如果你没有劳动合同及其他证明存在劳动关系的证据，无法申请工伤认定，可以先申请劳动仲裁确认你与用人单位之间存在劳动关系。经过劳动仲裁确认存在劳动关系后，再申请工伤认定；5、工伤维权程序比较多，如果自己不熟悉，最好委托律师代理。