首先，根据《中华人民共和国民事诉讼法》规定，合同双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反《中华人民共和国民事诉讼法》对级别管辖和专属管辖的规定。所以，如果合同中的双方当事人已经约定有管辖条款的，应当首先按其约定的确定管辖法院。

一、股权转让纠纷管辖怎么确定

按照我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。

在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成（如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效），因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。

二、关于合同纠纷协议管辖的具体规定。

（1）合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。

（2）合同双方当事人选择管辖的协议不明确或者选择《民事诉讼法》第25条规定的人民法院中的两个以上人民法院管辖，选择管辖的协议无效，依照《民事诉讼法》第24条的规定确定管辖。

由于合同纠纷案件既涉及合同纠纷案件的协议管辖问题，也涉及合同纠纷案件的法定管辖问题。确定合同纠纷案件管辖法院时需注意以下问题：

有效协议管辖约定优先于法定管辖适用。这也就是说，在确定合同纠纷案件的管辖时，首先应当看双方当事人之间有无协议管辖的约定以及该协议管辖的约定是否有效。协议管辖有效需符合以下条件：ａ、协议管辖只适用于合同纠纷案件，而且特殊地域管辖中的因保险合同引起的纠纷与因运输合同引起的纠纷不适用协议管辖。ｂ、只适用于一审的地域管辖。Ｃ、协议管辖必须采用书面形式。书面协议有三种形式，即合同中的条款、独立的协议书及信函、电报、传真、电子邮件等其他书面形式，口头协议一律无效。ｄ、只能在法律规定的范围，即被告住所地、原告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地人民法院中进行选择，而且必须做出明确的、唯一的选择。ｅ、不得违反级别管辖和专属管辖的规定。

合同纠纷的法定管辖。如果双方当事人之间不存在约定管辖的协议，或者虽然有约定，但该协议管辖无效时，则应当按照法定管辖确定具体合同纠纷案件的管辖权。具体应当分两步确定：ａ、被告住所地法院一定有法定管辖权；ｂ、合同履行地的确定。具体可以分为三个步骤：ａ、看合同中是否有明确的关于履行地的约定，就买卖合同而言，该履行地也可以包括交货地；如果没有关于履行地（包括交货地）的明确约定，则只能由被告住所地人民法院管辖；ｂ、看当事人约定的履行地与双方当事人住所地的关系，即如果约定的履行地再其中一方住所地（不论该方作为原告，还是作为被告），无论合同是否实际履行，该约定履行地人民法院一定对合同纠纷案件有管辖权。如果约定的履行地是双方住所地以外的第三个地点，那么这个履行地法院有无管辖权，取决于合同的履行情况。合同实际履行了，则该法院有管辖权；合同没有实际履行，则该法院没有管辖权；ｃ、当事人在合同中明确约定了履行地点或交货地点，但实际履行中以书面方式或双方一致认可的其他方式变更约定的，以变更后的约定地点为合同履行地。