公司擅自变更基本工资是违反法律规定的，根据劳动合同法的相关规定，用人单位擅自变更基本工资，属于对劳动合同内容的变更，对劳动合同内容的变更，需要用人单位与劳动者协商一致，且要采用书面的形式。否则劳动者可以按照用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的或者未及时足额支付劳动报酬的情况解除劳动合同。所以公司不能擅自变更基本工资，负责违反法律规定，且劳动者解除劳动合同后还可以请求用人单位支付经济补偿。

基本工资的确定

公司通常会在劳动合同中规定的和工资清单中记载的工资金额少于实际支付的金额，这种做法主要出于以下几个原因：

第一，减少经济补偿金的支付。根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的规定，经济补偿金的工资计算标准，是指企业正常生产情况下劳动者解除合同前12个月的月平均工资。如果劳动者不能举证证明公司实际支付的工资金额，其只能根据公司提供的工资清单中的数额计算经济补偿金，这样可以达到减少支付经济补偿金的目的。

第二，少付加班工资。根据《劳动法》、《办法》等规定，用人单位安排劳动者在法定标准工作时间以外加班加点且未给予同等时间的补休的，应按根据情况以劳动者日或小时工资的150％、200％、300％支付其工资。如果书面上记载的工资标准低于实际支付的金额，则公司可以少付加班加点的劳动报酬。

第三，少支付所得税和社会保险费。有些员工自愿要求工资单中记载其应得工资的一部分，通常是社会保险费计算的最低基数，这样员工个人可以少支付个人所得税和社会保险费，社会保险费中公司承担的部分也相应减少。

但是，和旧法相比，新《企业所得税法》规定公司可以对所有的员工劳动报酬在计算企业所得税的时候作为成本予以扣除，取消了旧法中只有外商投资企业才可全额扣除，内资企业只能按比例扣除的规定。因此，如果企业不能在工资清单中全额记载实际支付的员工薪酬，企业就不能做全额扣除，相应增加了企业所得税的负担。

如何保护员工权益

为保护自己的利益，员工最好在每次发放工资的时候，向所在单位索要工资单并予以保存，通过银行转账发放的，最好能每年定期到银行打印收入账单。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。

第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：

（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；

（二）未及时足额支付劳动报酬的；

（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；

（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；

（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。