1、商业秘密是企事业单位已经掌握的技术或者信息，保密协议也就是要求不得外泄这些技术秘密和经营信息；竞业禁止是针对相关核心人员固有技能的，竞业协议防止的是相关技能在竞争对手或者既能拥有者本人在非公司场所使用，从而降低公司的竞争力也就是增大了外界竞争压力。

2、商业秘密原则上属于法定附随义务，只要圈定了商业秘密的范围并和员工有了明确说明就应该遵守保守商业秘密的约定，而且是不需要补偿的，正如普通的销售合同中常有的双方需要保密的条款；竞业禁止属于约定义务，他限制了员工离职后的自由择业权利，特别是在分工比较细化的今天，同行业禁止很多时候会影响员工的将来的收益，这也是为什么法律法规要求约定的时候必须有补偿的原因。(目前江苏要求三分之一，但我觉得法律规定其实是有很多问题的，并没有充分考虑企业实际情况和整体司法环境——个人观点，可以讨论)

3、在员工签订相关的安排上，保密协议根据需要可以和所有员工都签订；而竞业协议只能和相关核心人员签订，并且实事求是，有必要才签，没有必要就不签了，因为如果和所有人签订，一来在出现纠纷通过司法途径解决时对竞业协议的效力解释会受到影响，二来给公司带来的补偿成本也太高。

4、在期限上，保守商业秘密原则上没有期限限制，也就是任何时候都不得泄露单位秘密；竞业禁止因为牵涉到个人利益和社会生产力发挥的问题，一般是有法律明确规定限制的。

一、保护权利人的商业秘密的必要性

1、加强商业秘密保护，是维护商业秘密权利人合法权益的需要。

商业秘密可以为权利人带来一定的、有时是巨大的经济利益。一些不法分子为获一已之利，采取各种手段，侵犯他人的商业秘密，有时给商业秘密权利人造成重大损失。要克服上述问题，必须加强商业秘密的保护。它不仅可以通过民事赔偿的方式有效弥补权利人的经济损失，而且可以通过责令停止、罚款等行政手段及时制止侵权行为的发生，从而最大限度地维护商业秘密权利人的合法权益。

2、加强商业秘密保护，是维护正常的市场竞争秩序的需要。

商业秘密属于民事侵权行为，它不仅损害商业秘密权利人的经济利益，而且破坏正常的市场竞争秩序。加强商业秘密的保护，有助于打击扰乱市场秩序的不良行为，有助于树立公平、诚实、信用的市场经营理念。它可以使民法的基本原则与市场经济的内在要求有机结合起来，逐步构建和巩固良好的市场秩序。

3、加强商业秘密保护，是参与世界经济一体化的需要。

世界上越来越多的国家重视商业秘密的保护。就世界贸易组织成员国而言，遵循《与贸易有关的知识产权协议》，运用民事法律手段保护商业秘密，是必须履行的基本义务。中国已加入WTO，企业面临着前所未有的挑战，这其中就包括商业秘密的进攻战和防御战，我们应当遵循《与贸易有关的知识产权协议》的要求，以加强商业秘密的保护。只有如此，才能促进对外交流与合作，才能最大限度保护国内商业秘密权利人的利益。

4、加强商业秘密保护，是提高商业秘密法律保护整体效果的需要。

在现实生活中，商业秘密侵权行为以民事侵权最为常见，运用民事法律武器制裁侵权行为，给权利人以多种形式的民事法律救济，就十分自然地成为人们最常用的法律保护方法。民法保护成为商业秘密法律保护众多形式中最基本、最主要的形式。加强民事法律保护，意味着抓住了商业秘密保护的根本和关键，有助于提高商业秘密保护的整体效果。

二、保护商业秘密的优势

1、具有期限优势，商业秘密的保护期是不确定的，如果能永久保密，则享有无限的保护期，如果在短时期内就泄了密，那么保护期也随之结束；而知识产权中各种权利都是有保护期限的。

2、具有地域优势，商业秘密无地域性特征，它的所有人可以向任何国家的任何愿意得到它的人发放许可证；而知识产权则均有地域性限制，在一国有知识产权不一定在另一国有相应的权利，但你的信息却是在世界范围内的公开。

3、具有保密优势，商业秘密是不公开的；而专利、商标、著作权都是公开的。当然商业秘密的保护方法在有优势的同时，也必然存在着一些缺陷。商业秘密在性质上虽然是一种知识产权，但是它与传统的知识产权相比存在着区别，是一种特殊的知识产权形态。