如果公司不配合工伤认定，员工可以自己申请，也可以通过仲裁确认双方的劳动关系；

[申请工伤所需材料]

1、工伤认定申请表；

2、身份证复印件；

3、医院诊断证明或职业病诊断证明；

4、工商企业登记档案资料

5、用个单位与劳动者存在劳动关系的证明(如：劳动合同、厂牌、工卡、证人证词、出入证、罚款单、警告信等)

6、工伤事故报告书

7、上下班途中发生交通事故，需提交交通事故认定书、路线图、房东证明及身份证复印件、邻居证明及复印件

二、如何证明与公司之间的劳动关系？

劳动法上的劳动关系，是指用人单位向劳动者给付劳动报酬，而由劳动者提供职业性的劳动所形成的法律关系。既然你在公司工作且接受了公司的管理，公司也发给了你相应的劳动报酬，那么你和公司之间存在劳动关系是毫无疑问的。但是你若要主张双倍工资的话首先必须提供相关的证据证明你和公司之间的劳动关系存在。

1、根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》的规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：

(1)用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；

(2)用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；

(3)劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

2、同时该通知也规定，用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：

(1)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录；

(2)用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；

(3)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；

(4)考勤记录；

(5)其他劳动者的证言等。

因此根据该规定，你若要证明和公司之间存在劳动关系的话，你最好是能提供工资签收单、考勤卡、工作证、招聘登记表之类的证据，如果可能的话你还可以要求你的同事出庭为你作证。

《工伤保险条例》第十四条职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：

(一)在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；

(二)工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；

(三)在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；

(四)患职业病的；

(五)因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；

(六)在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；

(七)法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。