支付二倍工资不包括加班工资，因为《劳动合同法》设立未签订劳动合同的双倍罚则，旨在杜绝用人单位利用事实劳动关系逃避缴纳社会保险费等法定义务，减少用工成本，侵害劳动者利益。因此，用人单位受到的惩罚应当以劳动者正常出勤下的工资为准，也即双倍工资差额的计算基数应当以正常出勤工资为准，不应包括加班工资，亦不应包括风险性、福利性的补贴、津贴。

一、应支付双倍工资的情形

(一)用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资；

(二)用人单位违反劳动合同法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，应向劳动者每月支付二倍的工资；

(三)劳动合同期满后，劳动者仍在用人单位工作，用人单位超过一个月未与劳动者订立书面劳动合同的，应向劳动者支付双倍工资。

二、双倍工资应怎么计算？

(一)双倍工资只能是差额。

鉴于双倍工资的性质，是比照工资标准计算的赔偿金，决定了在用人单位已经支付日常工资的情况下，劳动者只能向用人单位主张支付双倍工资的差额，即双倍之后扣除已支付部分。

(二)双倍工资的计算基数。

该基数应以用人单位与劳动者约定的工资标准为依据，按对应月份的应得工资计算，不包括年终奖等一次性偶然奖励和补贴。如果无法核实工资标准，也可以按双方认可的实发工资数额作为依据。

(三)双倍工资的计算时间。

用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，起算时间为用工之日起满一个月的次日，至补订书面劳动合同的前一日；劳动合同期满继续用工但未续签劳动合同的，起算时间为继续用工之日起满一个月的次日，至续签书面劳动合同的前一日；满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，支付二倍工资的起算时间为自用工之日起满一个月的次日至满一年的前一日，并视为自用工之日起满一年的当日已经与劳动者订立无固定期限劳动合同；用人单位应当订立而拒不订立无固定期限劳动合同的，必须自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍工资。

(四)双倍工资的追索时效。

申请劳动仲裁的时效为一年，从劳动者知道或者应当知道“双倍工资”被侵害之日起计算。