对告诉才处理和被害人有证据证明的轻微刑事案件进行调解应当注意以下几点：

1、调解并非必经程序。根据《刑诉法解释》的上述规定，人民法院对告诉才处理和被害人有证据证明的轻微刑事案件可以进行调解，而非必须进行调解。这就意味着对案件是否适用调解，要根据案件的具体情况而定。对于那些犯罪情节恶劣，对被害人造成严重伤害或社会影响不好的犯罪案件不宜进行调解。

2、在查明事实、分清是非的基础上进行调解。人民法院首先应当通过开庭审判对案件有基本了解，查明案情之后才能进行调解，这样做有利于维护当事人合法权益，维护诉讼公正。

3、调解应当在自愿、合法，不损害国家、集体和其他公民利益的前提下进行。首先，调解必须在自诉人和被告人双方自愿的前提下进行。任何一方反对调解的，都不得进行调解。这是因为调解的目的在于缓和当事人之间紧张关系，促进人民内部团结，维护社会稳定。如果当事人双方或一方不同意调解，而人民法院硬行调解，不但达不到融洽当事人关系的目的，反而会使当事人产生对立情绪。另外，接受调解就意味着诉讼将以双方当事人的相互妥协而告终。对于自诉人来讲，同意调解就意味着对被告人刑事犯罪追诉权的放弃；对于被告人来讲，同意调解就等于同意给付一定的经济补偿。当自诉人不愿意放弃追诉权或被告人不愿意多给付经济赔偿时都不愿意调解。因此，调解必须尊重双方当事人的意愿。双方自愿同意的，可以调解；有一方不同意时即不能进行调解。其次，调解须合法，不得损害国家、集体和其他公民利益。调解的内容不得违背法律，可以调解的调解，不可以调解的则不得调解，决不能损害国家、集体和其他公民利益。

在司法实践中，如果自诉人不愿调解、调解达不成协议或调解书签收前反悔的，人民法院应当依法作出判决。这是因为，上述三种情况都意味着自诉人的利益得不到保护从而不愿放弃追诉权。在这种情形下，应当对案件及时作出判决，而不能以调解为目标，迟迟不愿判决。经调解，当事人达成调解协议的，人民法院应制作调解书。调解书一经双方当事人签收，即产生法律效力。自诉人与被告人都应当遵照调解书内容行使权利，履行义务，任何一方都不得反悔。否则，当事人可以申请法院强制执行。对于自诉人来讲，接受调解就等于对诉权行使了处分权，即自愿放弃了对被告人刑事责任的追究。因此，调解书生效后，自诉人不得对被告人以同一事实和理由再次向人民法院起诉。