根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

仲裁时效因当事人一方向对方当事人主张权利，或向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在法律规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

申请人以时效中断、时效中止为由主张请求未过时效的，应提供相关证据证明。

劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受前述仲裁时效期间的限制;但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。

因此，用人单位克扣劳动者工资的，劳动者申请仲裁的时效为一年。

相关知识：

关于“无故拖欠”和“克扣”

在劳动争议中，用人单位往往混淆“无故拖欠”和“克扣”的概念，认为被欠薪的劳动者在每月工资支付日即应当知道权利被侵害，而工资发放数额的争议属于克扣工资的争议，即使发生在劳动关系存续期间，也应当受“一年”仲裁时效期间的限制，故只对劳动者提出仲裁之前一年的工资请求予以认可，有些仲裁委也是依此进行认定的，应该说这样的理解是有些片面的。

参考《江苏省工资支付条例》第六十三条的规定，“克扣”工资是指用人单位违反规定扣减劳动者工资的行为;“无故拖欠”工资是指除了规定的例外情形，用人单位延期支付或者未足额支付劳动者工资的行为。“扣减”与“未足额”的概念边界是比较模糊的，针对未支付的部分究竟属于“克扣”还是“无故拖欠”，争议双方往往各执一词。而实践中工资没有按月足额发放的情形又比较普遍，因此从保护劳动者合法权益的角度出发，在用人单位没有书面通知劳动者拒绝支付全部工资的情形之下，在劳动关系存续期间产生的未足额发放工资的争议应当认定为拖欠劳动报酬争议。

关于“正常劳动”的正确理解

工资是用人单位根据国家规定或劳动合同的约定，依法以货币形式支付给劳动者的劳动报酬。只要劳动者依照依法签订的劳动合同，在法定工作实践或者劳动合同约定的工作时间从事了劳动，即正常劳动，用人单位就应当支付工资。《劳动法》第五十一条规定，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当支付工资。也就是说劳动者在依法享有的法定节假日以及年休假、探亲假、婚丧假、晚婚晚育假、节育手术假、女职工孕期产前检查、产假、哺乳期内的哺乳时间、男方护理假、工伤职工停工留薪期等期间和劳动者依法参加社会活动占用工作时间的，用人单位应当视劳动者提供正常劳动并支付工资。

在劳动争议中，用人单位往往有意将在上述视同提供正常劳动的情形下发生的报酬争议排除在劳动报酬争议之外，认为应该受“一年”的仲裁时效的限制，有些仲裁委也持同样的观点，导致劳动者的权利没有得到充分的保护。