需要结合实际的情况分析。

一、举证

公司以“员工旷工三天以上”为由解除与员工的劳动合同，应就其单方解除劳动合同的合法性承担举证责任。

通常公司会提交《员工手册》、《电子考勤记录》等证据证明其系合法解除劳动合同。但如果员工方对上述证据提出异议：《员工手册》非经合法程序制定并公示；《电子考勤记录》系单方出具，没有员工签名确认。那么，法院通常会对上述证据不予采信。公司解除劳动合同的合法性将不被认可。

因此，公司在以上述理由解除劳动合同时，务必收集合法有效的证据才足以被采信和认可。

二、法律关系的认定

公司以旷工为由解除劳动合同的合法性不被认可，那么，是否就意味着公司系违法解除劳动合同？实务中还需要依据具体情形而定。

1、如果员工在争议的旷工日期之后一直未回或未要求回公司上班，而是在收到解除劳动合同通知书后直接提起劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的双倍赔偿金。而实务中对此则认定为“视为由公司提出、经双方协商一致解除劳动合同”，公司只需支付一倍的经济补偿金。

2、如果员工在争议的旷工日期后要求回公司上班，并在收到解除劳动合同通知书后提起劳动仲裁，那么在此情况下，一旦公司以旷工为由解除劳动合同的合法性不被认可，将被认定为“违法解除劳动合同”，应支付双倍的赔偿金。

《劳动合同法》第三十九条【用人单位单方解除劳动合同(过失性辞退)】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

(一)在试用期间被证明不符合录用条件的；

(二)严重违反用人单位的规章制度的；

(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

(六)被依法追究刑事责任的。

第四十条【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：

(一)劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；

(二)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；

(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。