有的学者认为，侵犯商业秘密造成的损失是对权利人竞争优势及这种优势所带来的经济利益的损失。对竞争优势的损害体现在经济上包括三个部分：商业秘密的开发成本、现实的优势和未来的优势。开发成本是指产出这种竞争优势的商业秘密的研制开发所投入的成本，包括投入的资金、人员和时间投入等；现实的优势是指生产和销售中的优势，如生产的低成本、销售的高利润和供求关系。这部分比较容易计算，在排除物价因素后，可以看价格是否下跌、销售量增加或减少及其比率（考虑市场供求关系）；未来的优势是权利人所预期的那部分，即由于侵权而使预期的优势所产生的收益损失、减少。这部分较难计算，实践中一般将商业秘密的利用周期长短、使用和转让情况、市场供求关系作为计算参数。此外，还应考虑保密成本，这部分较难计算，这部分投入也因侵权而遭受损害，理应获得赔偿。[1]另有学者认为，这里的损失一般指经济利益的重大损失，主要包括经营活动受到严重损害、经济损失严重、商品滞销、严重积压、营利性服务严重受挫，等等。在没有明确的立法与司法解释的情况下，需要由司法机关根据案件的具体情况进行认真分析。下列情况应认定为给权利人造成了重大经济损失：

（1）侵犯他人商业秘密造成他人重大经济损失的；

（2）侵犯他人商业秘密致使权利人丧失竞争优势，倒闭、破产的；

（3）侵犯商业秘密致使权利人声誉、信誉严重受到影响的；

（4）侵犯商业秘密致使权利人死亡的；

（5）侵犯他人商业秘密势必造成无可挽回的损失的。等等。[2]还有学者认为，重大损失的范围应以经济利益的丧失为核心，其他一些与之相关的危害结果也可以归结为经济利益的丧失，如丧失竞争优势就直接表现为利润的减少甚至巨额亏损，所谓的无可挽回的损失也是可以量化为经济利益的。权利人的声誉、信誉受到的影响实际上可以通过经营状况的改变体现出来，这也是刑法对损害商业信誉、商品声誉罪的危害结果主要规定为“重大损失”的原因。[3]

2001年4月，最高人民检察院和公安部在其联合发布的《关于经济犯罪案件的追诉标准的规定》（以下简称“《追诉标准》”）中明确规定：“侵犯商业秘密，涉嫌下列情形之一，应予追诉：（1）给商业秘密权利人造成直接损失数额在50万元以上；（2）致使权利人破产或者造成其他严重后果的。”2004年12月最高人民法院和最高人民检察院又联合发布了《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》（以下简称“《司法解释》”），其第7条规定：实施刑法第二百一十九条规定的行为之一，给商业秘密的权利人造成损失数额在五十万元以上的，属于“给商业秘密的权利人造成重大损失”，应当以侵犯商业秘密罪判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。给商业秘密的权利人造成损失数额在二百五十万元以上的，属于刑法第二百一十九条规定的“造成特别严重后果”，应当以侵犯商业秘密罪判处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

比较前后两个司法解释，可以发现许多不同之处：其一，《追诉标准》将重大损失解释为“直接损失”，而《司法解释》将其表述为“损失数额”，后者可以理解为除直接损失外，还包括间接损失在内。所谓直接损失与间接损失是相对而言的，直接损失数额是指犯罪行为使受害人现有的财物数量当即减少或丧失。间接损失数额是指受害人现有的财物减少或丧失之后，所引起或造成的受害人借此财物得到的财物和利益的减少或丧失。[4]就侵犯商业秘密罪而言，权利人所受到的损失几乎都是间接经济损失，此时一般不会有财物的毁损。因为这些犯罪中的典型不法行为并不是直接作用于人和物，而是直接针对社会的经济秩序，所以大多数情况下权利人受到的损害表现为可期待的经济利益没有实现，故《追诉标准》将危害结果限于直接经济损失，明显不符合侵犯商业秘密罪这种知识产权犯罪的特点，因此《司法解释》的这一修正是非常及时的。其二，根据《追诉标准》的规定，给权利人造成的重大损失包括三种情况，而两高《司法解释》仅规定“给商业秘密的权利人造成损失数额在50万元以上”一种情形，相对于前者在追诉标准上明显缩小。《司法解释》第17条还规定：“以前发布的有关侵犯知识产权犯罪的司法解释，与本解释相抵触的，自本解释施行后不再适用。”根据后司法解释优于前司法解释的原则，我们有理由认为《司法解释》将“重大损失”仅限于“给商业秘密的权利人造成损失数额在50万元以上”一种情形。就侵犯商业秘密罪而言，刑法明确规定“必须给权利人造成重大损失”，而未像其他知识产权犯罪那样要求“数额较大”，表明立法者的本意并不是将其限于犯罪数额这唯一的标准，因侵犯商业秘密造成其他严重后果的，仍然可以理解为给权利人造成了重大损失。而且从字面意思理解，“重大损失”也并不等于“重大经济损失”，故两高《司法解释》实际上对“重大损失”做了不当的限制，相对于《追诉标准》可以说是有所倒退。当然在“两高”对《司法解释》进行修订前应当认为它仍是一条有效的解释，在司法实践中应当遵照执行。即“给权利人造成重大损失”应限于给权利人经济上造成的损失。