1、建立健全商业秘密保护的专门组织和相关制度

一个正规高效的商业秘密保护的专门部门，是商业秘密得到有效保护的前提。企业领导应该高度重视商业秘密对于企业经营的重要作用及失密的严重后果，首先从组织上确立保障，成立一个专门部门，或原有部门如经理办公室、知识产权部、法律事务部等下面的专门小组，专人负责商业秘密的认定、保护措施的开发与实施。

合理完善的保密制度可以使员工对企业的义务明晰化，使员工有相应行为准则，有利于实际遵照执行及在诉论中举证。保密规章制度的制订要合法合理、切实可行。规章制度如果过于琐碎，可能会造成工作障碍，影响经营活动。相反，过于简单，又形同虚设。企业制订保密规章制度一般应至少考虑以下几个方面：商业秘密的范围；商业秘密的管理者及责任；商业秘密档案管理；商业秘密的申报与审查；商业秘密的保密义务；相应处罚等等。

2、对商业秘密及其载体的管理

首先，确定商业秘密的范围。企业应该根据商业秘密的四个法律特征对本企业内部构成商业秘密的种类、分布罗列出来，这样才能提高警惕并确定应采取的各种措施。前面所将的商业秘密的四个法律特征，听起来很复杂，其实企业在具体界定时不需要做那么详细的论证，一般来说，只要是企业自主研发的技术、自主制定的经营策略，都可以作为商业秘密来保护。

其次，确定商业秘密的密级。法律法规对商业秘密密级的划分没有规定，法律对任何商业秘密的保护和救济的原则都是一致的。是否划分商业秘密的密级，完全取决于企业保密工作需要和权利人意愿。从企业保密防范的原则来讲，划分和确定商业秘密密级，有利于商业秘密的分级管理，有利于突出重点、确保企业核心秘密的安全。对我国企业而言，熟悉而简单的分类就是“绝密”、“机密”、“秘密”三个等级。

最后，加强涉密文件的管理。涉密文件是指以文字、图表、音像及其它记录形式记载商业秘密内容的资料，包括公文、书刊、函件、图纸、报表、磁盘、胶片、幻灯片、照片、录音带等等。对这些商业秘密的载体，必须进行严格的管理，限制其传阅和复制。

3、对涉密人员的管理

商业秘密的保护最重要的还要靠人，因此加强对涉密人员的管理至关重要。

(1)与员工签订保密协议。这不仅是保护商业秘密的最好方法之一，也往往是执法机关判断保密措施是否合理的一项重要因素，没有保密协议可能导致公司的商业秘密得不到法律的保护。可以在劳动合同加列保密条款，也可以单独签订保密协议，要求员工遵守保密义务。签订技术保密协议，应当遵循公平、合理的原则，其主要内容包括：保密的内容和范围、双方的权利和义务、保密期限、违约责任等。一般而言，员工对企业承担保密义务的内容包括：保守商业秘密的义务；正确使用商业秘密的义务；获得商业秘密职务成果及时汇报的义务；不得利用单位的商业秘密成立自己企业的义务；不得利用商业秘密为竞争企业工作的义务，等等。而且，保密协议、保密条款并不因劳动合同、劳动关系的终止而终止，在员工离职后一定期限内仍然有效。