一、员工工资中有借款要扣除吗

根据《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。《工资支付暂行规定》第六条规定，用人单位应将工资支付给劳动者本人。

劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。第十五条还规定，用人单位不得克扣劳动者工资。并在列举的企业可以代扣的情形中没有员工借款这一事项。由此可见，相关法律、法规和规章的立法本意，就是为了保护劳动者享有劳动报酬的权利，特别是《劳动法》规定的工资要支付给劳动者本人，其目的就是为了保障劳动者对自己的工资拥有自主使用的权利。

由于工资与借款分属两种不同性质的法律关系，分别受劳动法律法规和普通民事法律法规的调整，不能直接予以相互抵销。一旦双方发生争议，将分别按劳动争议和普通民事借款纠纷处理。劳动仲裁在处理此事宜时，一般都会仅处理工资部分，要求公司补发工资;而对借款部分则要求企业另行向法院起诉。

综上，律师建议，企业不宜在未取得员工书面同意的情况下擅自扣除借款，除非在扣款前取得员工书面同意且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

二、针对上述企业从员工工资中直接扣除借款存在的法律风险，企业又将如何进行防范和规避

1、如员工因私借款，应向企业相关部门出具借条，并在借条中明确约定归还时间和方式，包括员工同意在工资中逐步扣除作为偿还方式。但需注意，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。此借条应作为重要财务凭证妥善保存。

2、如属于预支工资性质的借款，应在借条中注明借款性质为预支工资，则企业可以直接在工资发放时予以扣除，但亦需注意，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。此借条应作为重要财务凭证妥善保存。

3、如属于员工用于办理业务的未报销借款(如：预提的备用金)，则员工在登记领取或出具借条时，务必在报销时间一栏注明：“如本人未能在公司规定时间内提交相关凭证以报销该借款的，则公司有权直接从本人工资中扣除此借款金额”。而此借条或登记文件，则应在员工报销或还款时，予以退还或盖章作废。

员工与所在用人单位之间本身是给予员工提供了劳动之后，单位按照约定支付其相应的劳动报酬，但有些时候可能员工因为一些原因而向单位借钱，这个时候双方之间又格外构成了债权债务关系。但因为工资与借款之间基于的法律关系不同，那么在单位支付给员工的工资里面就不应当直接将二者抵扣。