根据南非、博茨瓦那、莱索托、纳米比亚和斯威士兰5国关税同盟协定，5国实行共同关税。南非负责关税同盟的管理工作，根据实现安排的计算公式，各成员国获得关税收入以及再分配。关税表目录是根据《协调的商品种类和编号体系》制定的，有两种类型的税率，一种是对最惠国待遇国家的税率，一种是针对一般国家的税率。最惠国待遇的税率应用于从很多国家进口的商品，包括世界贸易组织成员国。而一般国家的税率则是针对来自一部分国家的进口商品，从这些国家进口的商品不符合最惠国待遇的标准。当进口商品不是从原产地国家运来时，关税按照向南非出口国家的标准征收。关税总水平已经由原来的超过20%下降到12%。政府已经把9580个税号减少到7182个，对关税的约束程度有现在的55%提高到98%。将所有的数量控制改为征收从价税，并且使计算公式与世界贸易组织规定的原则相一致。把80多个不通水平的税号减少到只有6种水平，即零关税、5%，10%、15%、20%和30%，以及一些免税。从价税：从价税的征收是根据进口商品的FOB价。在海关估价方面，南非参加签署了关税与贸易总协定的第12条。该协议规定了5种计算报关价值的方法。第一项的表述是海关估价依据交易的价值，其价格是进口商实际支付和可支付的货物价格加上发生的特定费用和成本。为了使交易的价值能接受，必须符合一定的条件，买卖双方很明显是毫无关系的。如果海关拒绝第一种方法，则可以采用以下几种方式：同样货物的交易价值、相同货物的交易价值、演绎推理方法，再出售价格，或利用生产成本、利润和其他支出参数计算出来的价值。协议规定海关估价可以依据FOB价格，也可以依据CIF价格。其他方面的一些内容在其中也有描述，例如清关速度、货币可兑换、申诉权以及公开法律规定等。特惠税：从南部非洲关税同盟成员国对从关税同盟区以外进口的关税征收统一关税，关税在进口货物抵达的第一个口岸征收。征收关税的海关估价按照离开出口国的FOB离岸价格估价，以WTO的海关关税估价码为准。根据实施乌拉圭回合贸易协定的要求，南部非洲关税同盟国家必须在10年内将关税下降24%，并且取消对发展中国家纺织品出口的配额限制。经过4年的谈判，南非与欧盟达成了自由贸易协定，并于2000年1月开始实施。双方将在今后10-12年里使90%的贸易实现自由化。200页的贸易协定囊括了10，000种产品。这项协议也许会扩展到南部非洲关税同盟的其他成员国。同时，在南非加工的其他南部非洲关税同盟成员国的产品将享受免费出口到欧洲的待遇。目前，南非还在与肯尼亚和韩国讨论签署自由贸易协定。南非和美国于1999年2月签署了贸易和投资框架协议，该协议已进入实施。海关附加税目前对大多数进口货物在征收关税后还要征收14%的增值税。但如果进口的货物是用来加工生产或由注册进口商再出售，则可以免交14%的增值税。VAT在FOB价格上加14%，然后在交不可返回的海关税。某些货物有资格标上证书标记，向消费者表明该商品是根据有关标准生产制造的。根据南非国家标准局的建议，南非贸工部可以发布一些牵制大型要求，以便保证和提高产品治理，以保护消费者的利益。纳米比亚业沿用南非国家标准局的规定。标签香烟的包装上必须有警告的标示。进口货物的集装箱包装方面的标示，要避免有引起错误认识的标签。所有进口的食品和药品要有特殊的标记。一般来说，进口货物所标记用英语就可以了，但有些是需要有英语和阿非利加两种语言。进口纺织品中含有羊毛，无论是由羊毛制成，还是羊毛制品，都要根据有关规定特别标出。含有至少35%毛制品，必须表明其所含成分。银色标牌必须很清楚地表明。商标法要求，集装箱上的标签不允许有欺骗、作假和与箱内货物不符的内容。对于一些药品，特别是一些酒、药膏、含氟化物的漱口水，食品和化妆品，应该特别标明。建议食品类产品的标签应该显示出对产品的描述，列出成份，包括食品添加剂，制造商或供货商的姓名、地址和电话号码。以公制单位标出重量和体积，存放和使用说明。另外，在新的市场上，还需要标明原产地国家的情况，产品的有效期，主要产品的含量，特别食品添加剂的编号，以及根据进口国要求的营养成分。