国际运输是指跨国专业运输公司所经营的业务。目前，国际税收协定条款所涉及的三种国际运输业务是海运、空运和汽车运输，而纳入国际税收筹划的也正是这三项运输业务。然而，国际法条款有关交通工具管辖权的归属问题，只涉及到海运和空运两项运输业务，这说明船舶和飞机是国际运输的特殊类型。

国际运输涉及的税收既有直接税，也有间接税。直接税的课税对象是运费收入、客运收入、船舶和飞机所有者的财产所得、陆地业务所得（涉及的税种包括所得税、财产税、资本利得税），以及运输公司员工的工资薪金所得。间接税包括消费税、增值税、关税及其他附加税。间接税的课税对象是公司的运输服务价格（如增值税），以及进口的设备、运输工具、燃油等的关税价格（如增值税、消费税、关税）。有些定额或从价税也可以运输公司的码头和机场服务费为课税对象（如各种码头费、机场服务费、空中通道费等）。

在上述情况下，课税主体通常是以船舶或飞机来从事国际运输的海运公司或航空公司。尽管船舶和飞机悬挂注册地国家的国旗、但按大部分国家的法律，它不构成独立的法律主体以及相应的纳税人地位。

国际运输的税收大部分类似于各种国际商业活动的税收——由船舶或飞机所有者的居住国征税（公司全球利润的公司所得税），也可按地域原则由所得来源国征税。例如，外国（地区）的海运企业和航空企业以船舶或飞机从事国际运输，从中国港口或机场起运旅客和货物到达目的地所取得的运输收入，应按照中国的营业税、外商投资企业和外国企业所得税法的规定，计算缴纳营业税和所得税。中国对外国海运、航空企业应缴纳的营业税和所得税，采取按应纳税额占运输收入总额的比例为综合税率计算征收，其综合税率为4.65％。具体包括营业税税率3％；税法规定企业所得税按应纳税所得额计算、税率为30％，按运输收入总额的5％计算应纳税所得额，应纳企业所得税额占客货运输收入的1.5％；税法规定地方所得税按应纳税所得额计算，税率为3％，应纳地方所得税额占运输收入总额的0.15％。以上合计为运输收入额的4.65％，即为综合税率，按每次起运客货的运输收入额计算纳税。对从事国际运输业务的外国企业，仅就来源于中国境内的所得征收企业所得税；对外国运输企业的征税，并不以在中国境内设立“机构”为条件。这是国际上通行的做法。运输收入总额以后还要归入企业的全球运输所得中，在海运、航空企业的居住国第二次纳税，这样，就出现了法律性的双重征税。可以通过签订国家间避免双重征税的协定来解决这个问题，即采用税收抵免和免税机制。凡与中国有税收协定，海运、空运协定以及互免海运、空运企业运输收入税收协定的，都互免对方国家海运、空运企业的所得税。

除了避免所得和财产双重征税的税收协定外，有关国家之间也可签订专门的有关交通运输的税收协定。国际上基本倾向于由管理机构所在地的国家独占国际运输所得的征税权，认为这样做比较适宜。但发展中国家坚持收入来源地有权对国际运输收入征税，因此，不少国家的税收协定规定，国际运输收入的来源国可行使部分的地域管辖权征税。

运输公司在低税管辖区或在对离岸运输公司规定有专门税收优惠的国家登记注册，可以降低公司的有效税率，减轻全球税收负担。那些允许离岸海运公司登记注册的避税地，除了低所得税外，财产税也很低，且船舶登记手续十分简便。由于现代船舶非常昂贵，所以上述状况可能有较大意义。

按海洋法领域的国际协定，在避税港注册的船舶，在世界各主要海港可享受优惠的法律制度（国民待遇或更为优惠的待遇），这将大大减少服务费用（其中包括停泊费、灯塔费、领航费等），并将促使船主为自己的船寻找更为方便的国籍旗，同时将增加海船注册国的财政收入。例如，世界上影响最大的轻型船（主要是游艇）注册国凯曼群岛，1993年的财政收入中，28％来自船主的税收。

就航空运输而言，航空公司通常不会在国外注册和从事离岸业务，因为航空公司要把安全问题和企业的声誉放在首要地位。英国航空公司（BritishAirways）是世界上最大的航空公司之一，不享受任何税收优惠。此外，有些国家的航空公司如法国航空公司（AirFrance）和德国汉莎航空公司（Lfthansa），都有国家参与的股份。然而，在很多情况下，外国航空公司要比本国航空公司能得到更多的优惠待遇。

至于飞机的地面技术服务，如果能在提供税收优惠待遇的管辖区内进行，自然也是十分有利的。例如，有些航空公司把外国的服务基地（提供维修和机身的油漆）设置在属于低税区的爱尔兰香浓机场。

几乎所有的发达国家都反对把运输公司设立在避税地、反对将运输公司的资金转移到无税管辖区居民公司的帐上。例如。美国法律规定，如果在美国的码头和机场起运或停降，该运输公司所得的50％应向美国缴纳所得税，而不考虑公司的居住国地位。运输公司员工的所得由其居住国征收个人所得税。如果一个员工按合同在注册于无税管辖区的外国运输公司工作，且一个年度内持续时间超过了183天，那么在避税地方便旗下的工作能大大减轻他的所得税负担。在国外工作的海运公司和航空公司员工所得的税收问题，可按有关国家间双边税收协定的条款来解决。

国际税收协定对外国运输公司所得征税的规定也并不一致。例如，中国对外税收协定大体有五种处理办法：

（1）我国同美国和法国已有互免空运和海运企业税收的协定或换文，所以在一般税收协定中不再重列；

（2）由设有实际管理机构的所在国拥有征税权，如中英、中丹麦等税收协定；

（3）由作为居民企业的所在国拥有征税权，如中日、中加等税收协定；

（4）由设有总机构的所在国拥有征税权，如中比、中挪税收协定等；

（5）由设有总机构或实际管理机构的所在国拥有征税权，如中芬税收协定等。