对工程结算单的印章有异议的处理：施工方可以依法向法院起诉。法律规定，工程结算单在法律上属于双方对工程结算的确认，委托方应该按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款。委托方不按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款的，施工方可以依法向法院起诉。

一、怎么做工程结算

工程结算的方式：

1、分段结算，对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算；

2、竣工后一次结算，规模较小的项目，竣工后一次结算的方式；

3、按月结算，即每个月结算一次；

4、双方约定的其他的结算方式。

二、工程结算报告书原件

工程结算报告书是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位(业主)办理工程价清算的经济文件。通常情况下工程结算分为:工程定期结算、工程阶段结算、工程年终结算、工程竣工结算。工程结算编制依据1、国家有关法律、法规、规章制度和相关的司法解释;2、国务院建设行政主管部门以及各省、自治区、直辖市和有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法、有关规定及相关解释;3、施工方承包合同、专业分包合同及补充合同，有关材料、设备采购合同;4、招投标文件，包括招标答疑文件、投标承诺、中标报价书及其组成内容;5、工程竣工图或施工图、施工图会审记录，经批准的施工组织设计，以及设计变更、工程洽商和相关会议纪要;6、经批准的开、竣工报告或停、复工报告;7、建设工程工程量清单计价规范或工程预算定额、费用定额及价格信息、调价规定等;8、工程预算书;9、影响工程造价的相关资料;10、安装工程定额基价;11、结算编制委托合同。

三、工程是国税还是地税缴纳

工程交税属于地税需要到施工所在地的税务部门缴纳

工程结算决定了开发项目的成本大小，会对项目公司的两种税金造成较大影响，一是土地增值税，二是企业所得税。

1、土地增值税

土地增值税的征税对象是纳税人转让房地产的增值额，增值额与适用税率计算得出税额。

增值额=营业收入—可扣除项目

土地增值税税额=增值额×适用税率—可扣除项目×速算扣除系数

可扣除项目包括：

(1)取得土地使用权所支付的金额

(2)开发土地的成本费用

(3)新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格

(4)与转让房地产有关的税金

(5)财政部规定的其他扣除项目

工程结算对可扣除项目中的新建房及配套设施的成本费用有直接的决定作用。

2、企业所得税

企业所得税的征税对象是企业的生产、经营所得和其他所得，也可以称为应纳税所得额。

应纳税所得税=收入总额—不征税收入—免税收入—准予扣除项目金额—允许弥补以前年度亏损

应纳税额=应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额

工程结算对企业所得税计算中的准予扣除项目的金额大小影响巨大。