二者的法律效力不同

商品房预售合同备案登记制度是一种行政管理制度，而预告登记是不动产登记制度，二者的法律效力完全不同。《民法典》第二百二十一条规定，当事人签订买卖房屋的协议或者签订其他不动产物权的协议，为保障将来实现物权，按照约定可以向登记机构申请预告登记。预告登记后，未经预告登记的权利人同意，处分该不动产的，不发生物权效力。预告登记后，债权消灭或者自能够进行不动产登记之日起九十日内未申请登记的，预告登记失效。

依此规定，经预告登记的不动产买卖合同买受人的债权已经添附了预期物权，债权人可以享有产权已过户后的部分权利，包括可以对抗前手抵押权人行使抵押权，司法机关也不能将已预告登记的不动产当作出卖方的财产施以强制执行;而经过登记备案的商品房预售合同仅表明该买卖行为已纳入行政监管，在没有其他法定事由的情况下，该合同的效力优于出卖人一房多卖的时间顺序在后的同一标的物预售合同，在产权过户登记前商品房预售合同仍然没有物权效力。没有物权效力就是意味着无论合同履行状况如何，出卖人仍然是标的物法律意义上的产权人。

二者登记的程序及部门不同

《城市房地产管理法》第四十五条第二款规定：“商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。”可见商品房预售合同的登记备案是政府主管部门行使监管职权、房地产经营企业满足预售条件履行报备义务接受资格审查的一项行政管理行为。而预告登记时双方合意之下申请的，只有双方达成合意才能可以申请登记，也可以不用申请预告登记。可见登记备案的启动主体是房地产开发商，而预告登记的启动主体则是签订了物权协议的当事人。且根据《房屋登记办法》的规定，办理预购商品房预告登记必须有已经登记备案的商品房预售合同原件才能办理，即备案登记是预告登记的前置程序。

另外，两者的登记机关也不一定是同一个，预告登记就是房屋的登记机构，而商品房预售合同登记备案的可以是建设主管部门也可以是房地产管理部门。

二者适用范围不同

商品房预售合同的登记备案，其登记的标的仅限于商品房预售合同，商品房的现房买卖、二手房买卖、旧房买卖合同都被排除在备案登记的范围之外;而预告登记适用于所有不动产交易，不仅包括商品房买卖和私房交易，还包括国有土地使用权的有偿转让、房地产开发项目的整体受让等。